無料 PubChem 検索 · Dock ツール
任意の薬物、天然物、IUPAC 名から Canonical SMILES と 2D 構造を即座生成 — 分子ドッキング対応。
Molecular Docking の無料ツール — SMILES 取得後、ワンクリックでオンラインドッキング。 ドッキングホームを開く
英語の薬名または IUPAC 名（例: Aspirin）を使用してください。PubChem は中国語など非ラテン文字の名称に対応していません。
検索結果はここに表示されます — SMILES、2D 構造、ワンクリックドッキングリンク。
ChemDraw、Open Babel、ローカル PubChem は不要です。この無料コンバーターはブラウザから PubChem PUG REST API を呼び出し、数秒でドッキング用 SMILES 文字列を返します。
一般名（Aspirin）、INN、商品名同義語、または完全 IUPAC 名を使用。最初の試行が失敗したら、最も一般的な同義語を優先してください。
PubChem で名称を解決し、2D 図と Canonical（連結性）SMILES を表示。ノートブック、スクリプト、AutoDock Vina 入力用にコピーできます。
「このリガンドでドッキング」をクリックすると SMILES が事前入力された AutoDock Vina フォームが開きます。PDB ID（またはタンパク質名 PDB 検索）と組み合わせ、ブラウザでドッキングを実行。
演習や初期バーチャルスクリーニングは馴染みの分子から始まることが多いです。名称をクリックして PubChem のライブ SMILES を取得し、標的 PDB にドッキング。
| 化合物 | 典型的な用途 | メモ |
|---|---|---|
| NSAID / 教学リガンド | CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O | |
| drug-like カルボン酸 | CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1 | |
| 天然フラボノイド | ポリフェノール骨格（ライブ検索） | |
| 古典的キナーゼ阻害剤 | 経口オンコロジーリガンド（大型） | |
| ヌクレオチド類似体 | 抗ウイルス / COVID 時代の例 | |
| ステロイド骨格 | 剛性融合環リガンド |
論文や実験マニュアルではリガンドが英語名（quercetin、remdesivir など）ですが、ドッキングエンジンは機械可読な構造が必要です。SMILES（Simplified Molecular Input Line Entry System）は原子と結合を1行のテキストで符号化 — 単一化合物なら SDF アップロード不要。オンライン AutoDock Vina パイプラインは SMILES から 3D を構築し、指定 pH でプロトン化してからリガンド PDBQT を生成します。
ChemDraw がなくても、名称で PubChem を検索するのが信頼できる Canonical SMILES を得る最速の方法です。このページは「化合物は分かる、文字列が欲しい、次はドッキング」というロングテール向け — ローカル RDKit や Open Babel のインストールは不要です。
変換後、リガンドを受容体 PDB ID と組み合わせます。タンパク質名（EGFR、ACE2、CDK2）しか知らない場合は、タンパク質名 PDB 検索ツールを使い、Dock ホームページでドッキングを実行してください。
薬名、IUPAC 名、同義語をドッキング用 SMILES に変換する学生向けの短い回答。
SMILES は分子構造のコンパクトなテキスト表記です。原子と結合を文字で書きます — 例えば aspirin は CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O が一般的。環、分岐、電荷、立体化学も1行に収まり、データベースやドッキングツールが解析できます。
タンパク質名（EGFR、ACE2、HER2）から高分解能 PDB ID を見つけ、ワンクリックでドッキング。
ブラウザで SMILES を SDF または MOL に、SDF・MOL・PDB を SMILES に変換。化合物名の検索も同じページです。
ブラウザで PDB から HOH 水分子と任意の HETATM レコードを除去 — ドッキング準備済み受容体前処理。
参照リガンド PDB/SDF をアップロードし、Vina 検索ボックスの Center X/Y/Z と Size を計算 — config.txt をワンクリックでコピー。
SMILES を貼り付け、ブラウザ内 RDKit.js で MW、LogP、HBD、HBA を計算 — ドッキング前に Lipinski 合格/不合格。
Open Babel でブラウザ内 SMILES、SDF、PDB を AutoDock Vina PDBQT に変換 — MGLTools 不要。
PDB ID + SMILES を貼り付け、結合ボックスを確認し、ダウンロード可能なレポート付きでドッキングを実行。
ツールハブ全体を閲覧 — PDB 検索、化学名→SMILES、PDB クリーナー、グリッドボックス、五則、PDBQT。