ブラウザ内の無料変換 · Dock ツール
SMILES を SDF または MOL に、構造ファイルを SMILES に、化合物名を SMILES 行に。そのあとドッキングできます。
Molecular Docking の無料ツール — 変換後、ワンクリックでオンラインドッキング。 ドッキングホームを開く
構造ファイルをドロップ
.sdf / .mol / .pdb / .smi — 変換はブラウザ内
初回だけ Open Babel をダウンロードします。その後はこの端末で変換します。
結果はここに表示されます。SDF と MOL は同時にダウンロードされます。
SMILES は分子を一行で書いたテキストです。SDF と MOL は、描画ソフトやドッキング前処理が求める構造ファイルです。このページはブラウザ内で形式を変換し、SMILES が無いときは化合物名を PubChem で検索できます。
SMILES → SDF または MOL は 3D 構造ファイルを作ります（pH 7.4 で水素付加）。SDF / MOL / PDB → SMILES はファイルを一行に戻します。化合物名は PubChem です。
小さいリガンド群は 1 行 1 SMILES で足ります。ファイルは SDF、MOL、PDB をドロップします。
SMILES をコピーし、構造ファイルを保存し、または Dock の AutoDock Vina に渡します。ローカル Vina 用の PDBQT は別のコンバーターです。
フォームに入ります。保存はされません。
| 化合物 | 典型的な用途 | 得られるもの |
|---|---|---|
| 小さい薬、最初の確認向き | SMILES ↔ コンパクトな SDF | |
| 授業で使う NSAID | 柔軟な鎖、リガンドサイズ | |
| 剛直な複素環 | 短い SMILES、きれいな 3D | |
| 天然物フラボノイド | 学生課題でよく使うリガンド |
「SMILES 変換」ならこのページです。SMILES から SDF / MOL が欲しい、または構造ファイルから SMILES 行が欲しいときに使います。化合物名から SMILES は同じ PubChem 検索です。
ここで得た SMILES または SDF は AutoDock Vina のフォームに入れられます。PDBQT ではありません。ローカルのコマンドラインには PDBQT コンバーター を使い、ファイルが不要なら オンラインでドッキング します。
タンパク質名（EGFR、ACE2、HER2）から高分解能 PDB ID を見つけ、ワンクリックでドッキング。
PubChem 経由で薬物名または IUPAC 名を Canonical SMILES に変換 — AutoDock Vina 対応。
ブラウザで PDB から HOH 水分子と任意の HETATM レコードを除去 — ドッキング準備済み受容体前処理。
参照リガンド PDB/SDF をアップロードし、Vina 検索ボックスの Center X/Y/Z と Size を計算 — config.txt をワンクリックでコピー。
PDB ID とこの SMILES。Vina も Open Babel もインストール不要。
ツールハブ全体を閲覧 — PDB 検索、化学名→SMILES、PDB クリーナー、グリッドボックス、五則、PDBQT。