Trợ giúp không gian tìm kiếm Vina miễn phí · Công cụ Dock
Tải ligand tham chiếu để tính Center X/Y/Z và Size — sao chép config.txt hoặc mở Dock với hộp tùy chỉnh.
Thả file ligand tham chiếu vào đây
.pdb (HETATM) hoặc .sdf / .mol · chỉ JS cục bộ · không bao giờ tải lên
Tải ligand tham chiếu ở trên. Center và Size sẽ hiển thị tại đây cho config.txt Vina của bạn.
Bạn không cần PyMOL, ChimeraX hay AutoDockTools chỉ để lấy center_x / center_y / center_z và kích thước box. Tải ligand tham chiếu, chỉnh padding và sao chép đoạn config.txt sẵn sàng cho Vina — tất cả trong trình duyệt.
Ưu tiên cấu trúc holo: chúng tôi đọc HETATM không phải dung môi (ligand đồng tinh thể). Bạn cũng có thể tải ligand .sdf/.mol đã tách hoặc PDB chỉ ligand với bản ghi ATOM. Phân tích chỉ dùng API FileReader.
Center là trung bình số học X/Y/Z của nguyên tử. Size trên mỗi trục là độ giãn bounding box ligand (max − min) cộng padding của bạn. Nếu có nhiều nhóm HETATM, chọn ligand đúng trước khi sao chép.
Dán đoạn vào config AutoDock Vina cục bộ, hoặc bấm Sao chép tọa độ & bắt đầu docking để mở form trực tuyến với box tùy chỉnh đã điền sẵn.
AutoDock Vina không tìm kiếm toàn bộ protein. Nó lấy mẫu pose ligand trong không gian tìm kiếm hình chữ nhật (thường gọi grid box hoặc docking box) xác định bởi điểm trung tâm và chiều dài dọc X, Y, Z tính bằng Ångström. Sáu số đó — center_x, center_y, center_z và size_x, size_y, size_z — là nguồn phổ biến nhất của kết quả «túi sai» hoặc redock thất bại trong bài viết sinh viên và phương pháp.
Cách chuẩn đặt box cho cấu trúc holo là căn giữa trên ligand tham chiếu đồng tinh thể (phân tử đã gắn trong PDB). Lấy trung bình tọa độ nguyên tử ligand đó cho tâm túi tái lập được; mở rộng bounding box ligand vài Ångström cho thể tích tìm kiếm đủ cho analog mà không phình không gian tìm kiếm.
Máy tính grid box miễn phí này dành cho quy trình đuôi dài đó: bạn đã có PDB hoặc SDF ligand, cần tọa độ Vina chính xác và muốn dock tiếp — không cài AutoDockTools hay viết Biopython cục bộ. Kết hợp box với receptor đã làm sạch từ PDB cleaner và SMILES ligand từ name to SMILES, rồi chạy docking trên trang chủ Dock.
AutoDock Vina cục bộ đọc file config văn bản thuần. Đoạn công cụ này sao chép khớp 1:1 với các khóa không gian tìm kiếm bên dưới.
| Tham số | Ý nghĩa | Cách chúng tôi tính |
|---|---|---|
| center_x / y / z | Tâm hình học của box tìm kiếm (Å) | Trung bình tọa độ nguyên tử ligand đã chọn |
| size_x / y / z | Chiều dài box theo từng trục (Å) | Độ giãn ligand (max − min) + padding (5–10 Å) |
| receptor / ligand | Đường dẫn tới input PDBQT (Vina cục bộ) | Không đặt ở đây — thêm vào config của bạn sau prep |
| exhaustiveness | Độ kỹ lưỡng tìm kiếm toàn cục | Không thuộc box; Dock trực tuyến mặc định dùng 8 |
Ví dụ đoạn sau khi tải ligand tham chiếu:
center_x = 12.345 center_y = -3.210 center_z = 18.900 size_x = 22.5 size_y = 20.0 size_z = 18.0
Box quá lớn tăng dương tính giả và chậm lấy mẫu; box quá nhỏ cắt pose và làm hại RMSD redock. Dùng điểm khởi đầu này, rồi xác minh bằng redock ligand gốc khi có thể.
| Trường hợp dùng | Padding gợi ý | Box điển hình |
|---|---|---|
| Redock dạng thuốc / analog gần | 5–8 Å | ~18–25 Å mỗi cạnh sau padding |
| Peptidomimetic lớn hơn hoặc ligand linh hoạt | 8–10 Å | Chú ý size_z nếu túi sâu |
| Lập phương mặc định coursework / Methods | Thường lập phương cố định 20×20×20 Å | Căn trên ligand đồng tinh thể; trích dẫn PDB + box |
| Túi apo / không có ligand tham chiếu | N/A cho công cụ này | Dùng neo residue hoặc dự đoán túi |
Để có checklist chuẩn bị đầy đủ (làm sạch receptor, proton hóa, kiểm tra redock), xem chuẩn bị receptor và ligand cho AutoDock Vina và hướng dẫn công cụ AutoDock Vina trực tuyến.
Dùng máy tính này khi bạn có chất ức chế, cơ chất hoặc mảnh đồng tinh thể tại vị trí gắn và muốn Vina tìm túi đó cho cùng ligand (redock) hoặc analog gần. Tách ligand ra SDF nếu PDB có nhiều heteroatom, hoặc tải PDB holo đầy đủ và chọn nhóm HETATM đúng.
Đừng chỉ dựa vào căn ligand cho cấu trúc apo, vị trí allosteric xa ligand đồng tinh thể, hoặc khi ligand tinh thể học là artefact tinh thể (buffer, chất tẩy) chứ không phải chất gắn dược lý liên quan. Trong các trường hợp đó dùng trung điểm residue xúc tác, định nghĩa túi đã công bố hoặc xếp hạng túi tự động của Dock — vẫn ghi center_* / size_* cuối trong đoạn Methods.
Trước khi dock analog, làm sạch nước và heteroatom không mong muốn khỏi receptor bằng PDB Cleaner. Giữ file ligand tham chiếu riêng cho máy tính này để định nghĩa túi độc lập với file chuẩn bị receptor bạn gửi cho Vina.
Câu trả lời ngắn cho sinh viên và nhà nghiên cứu thiết lập tọa độ không gian tìm kiếm AutoDock Vina từ ligand tham chiếu.
Grid box là thể tích hình chữ nhật nơi AutoDock Vina lấy mẫu pose ligand. Xác định bởi tâm (X, Y, Z tính bằng Å) và kích thước theo từng trục. Mọi thứ ngoài box bị bỏ qua khi docking, nên tâm phải nằm trong túi gắn dự định.
Tìm PDB ID độ phân giải cao từ tên protein (EGFR, ACE2, HER2) và docking một cú nhấp.
Chuyển tên thuốc hoặc IUPAC thành Canonical SMILES qua PubChem — sẵn sàng cho AutoDock Vina.
Chuyển SMILES sang SDF hoặc MOL, hoặc SDF, MOL và PDB ngược lại thành SMILES, trên trình duyệt. Tên hóa chất tra trên cùng trang.
Loại bỏ nước HOH và bản ghi HETATM tùy chọn khỏi PDB trong trình duyệt — prep thụ thể sẵn sàng docking.
Dán SMILES để tính MW, LogP, HBD và HBA bằng RDKit.js trong trình duyệt — lọc Lipinski đạt/không đạt trước docking.
PDB sang PDBQT online miễn phí (cả SDF/SMILES) với Open Babel — không MGLTools. Tải file sẵn Vina hoặc tiếp tục docking cloud.
Dán PDB ID hoặc tải receptor, thêm SMILES, đặt grid box và chạy docking với báo cáo tải về.
Quy trình sinh viên end-to-end: receptor, ligand, binding box, chạy Vina và cách báo cáo ái lực cùng pose.
Duyệt hub công cụ đầy đủ — tìm PDB, tên sang SMILES, làm sạch PDB, hộp lưới, quy tắc 5, PDBQT.