Prep thụ thể chỉ trên trình duyệt · Công cụ Dock
Loại nước tinh thể học và heteroatom tùy chọn khỏi PDB trong trình duyệt — rồi docking trên Dock.
Thả file .pdb vào đây
hoặc nhấp để duyệt · phân tích cục bộ · không gửi lên máy chủ
Tải PDB ở trên. Số nước và nguyên tử dị thể đã xóa sẽ hiện tại đây.
Bạn không cần script PyMOL, lệnh Open Babel hay cài Autodock cục bộ chỉ để loại nước tinh thể. Trình làm sạch PDB miễn phí này phân tích file bằng API FileReader trình duyệt, xóa bản ghi HOH (và HETATM tùy chọn), cho phép tải xuống hoặc dock một cú nhấp — không tải lên trong khi làm sạch.
Kéo thả hoặc duyệt file Protein Data Bank (.pdb / .ent) từ RCSB, AlphaFold hoặc tài liệu khóa học. Phân tích trên thiết bị của bạn; chúng tôi không gửi file tới API làm sạch.
Nước (HOH, WAT, DOD, H2O) luôn bị xóa. Giữ checkbox để xóa thêm nguyên tử dị thể — ligand đồng tinh thể, ion và dung môi. Bỏ chọn nếu cần cofactor hoặc ion trong pocket.
Tải *_clean.pdb cho Vina/PyMOL cục bộ, hoặc nhấp Dock với PDB sạch này để nạp thụ thể vào biểu mẫu AutoDock Vina trực tuyến — vẫn chỉ trong tab này đến khi gửi job.
Hướng dẫn docking thường yêu cầu «xóa nước và nguyên tử dị thể» trước khi chuyển PDBQT. Dưới đây là chính xác những gì trình làm sạch trực tuyến làm với từng loại bản ghi.
| Bản ghi / nội dung | Hành động mặc định | Tại sao quan trọng với Vina |
|---|---|---|
| Nước HOH / WAT | Luôn xóa | Nước tinh thể lấp pocket và có thể chặn pose ligand. |
| HETATM khác (ligand, ion) | Xóa nếu checkbox bật | Ligand đồng tinh thể cạnh tranh với SMILES; ion có thể hữu ích — chọn có chủ đích. |
| ATOM (protein / axit nucleic) | Giữ | Tọa độ axit amin / nucleotide chuẩn giữ làm khung thụ thể. |
| HEADER, TITLE, REMARK, TER, END… | Giữ | Metadata và terminator chuỗi được giữ để đọc trong PyMOL. |
| ANISOU / CONECT cho atom đã xóa | Không viết lại | Bộ lọc dòng đơn giản cho tốc độ khóa học; làm sạch lại PyMOL nếu cần đồ thị CONECT hoàn hảo. |
Hầu hết cấu trúc tinh thể RCSB có nước tinh thể (residue HOH) và thường ligand đồng tinh thể dạng HETATM. AutoDock Vina coi các atom đó là phần thụ thể cứng trừ khi bạn xóa trước. Để hàng trăm phân tử nước trong site gắn kết có thể chặn pose, tăng điểm clash và làm benchmark redock sinh viên kém hơn co-crystal công bố.
Prep desktop cổ điển dùng PyMOL, ChimeraX hoặc pipeline grep / Open Babel. Được — nhưng chậm khi chỉ cần thụ thể sạch cho bài tập. Trình làm sạch PDB trực tuyến miễn phí này cho quy trình đó: tải PDB (hoặc qua tìm PDB theo tên protein), xóa HOH và HETATM tùy chọn trong trình duyệt, rồi dock với SMILES từ bộ chuyển tên hóa học sang SMILES.
Sau làm sạch, nhấp Dock với PDB sạch này mở trang chủ Dock với thụ thể nạp sẵn. Dock trực tuyến vẫn thêm hidro và chuẩn bị PDBQT. Xem chuẩn bị thụ thể và ligand cho AutoDock Vina và docking phân tử từng bước.
Xóa nước cần thiết nhưng chưa đủ. Xem checklist sau khi tải PDB sạch — đặc biệt cho bài chấm điểm và xác thực redock.
Trong PDB, hầu hết nước là dòng HETATM với tên residue HOH (cột 18–20). «Xóa mọi HETATM» cũng xóa nước — nhưng «chỉ xóa HOH» giữ ion, glycerol, PEG và thuốc đồng tinh thể. Công cụ luôn xóa tên residue nước, và tùy chọn xóa mọi HETATM còn lại để khớp hai hướng dẫn lab phổ biến:
Khung xương protein và DNA/RNA giữ dạng bản ghi ATOM. Chúng tôi không đổi tên chuỗi, đánh số lại residue hay thêm hidro ở đây — cố ý để trình làm sạch là bước đầu minh bạch, có thể kiểm tra trước docking.
Câu trả lời ngắn cho ai tìm «xóa nước khỏi PDB», «xóa HETATM online», «làm sạch PDB cho docking», hoặc «loại HOH trước AutoDock Vina».
Không. Làm sạch chỉ dùng API FileReader trình duyệt. Tọa độ ở máy bạn trong bước này. Nếu sau đó nhấp Dock với PDB sạch này và gửi job, Dock nhận văn bản sạch bạn chọn — giống upload file ở trang chủ.
Tìm PDB ID độ phân giải cao từ tên protein (EGFR, ACE2, HER2) và docking một cú nhấp.
Chuyển tên thuốc hoặc IUPAC thành Canonical SMILES qua PubChem — sẵn sàng cho AutoDock Vina.
Chuyển SMILES sang SDF hoặc MOL, hoặc SDF, MOL và PDB ngược lại thành SMILES, trên trình duyệt. Tên hóa chất tra trên cùng trang.
Tải ligand tham chiếu PDB/SDF để tính Center X/Y/Z và Size cho hộp tìm kiếm Vina — sao chép config.txt một cú nhấp.
Dán SMILES để tính MW, LogP, HBD và HBA bằng RDKit.js trong trình duyệt — lọc Lipinski đạt/không đạt trước docking.
PDB sang PDBQT online miễn phí (cả SDF/SMILES) với Open Babel — không MGLTools. Tải file sẵn Vina hoặc tiếp tục docking cloud.
Tải thụ thể sạch hoặc dán PDB ID, thêm SMILES, xem hộp gắn kết và chạy docking với báo cáo tải xuống.
Checklist đầy đủ sau khi xóa nước — proton hóa, PDBQT và tùy chọn ligand.
Hướng dẫn cho sinh viên từ chọn cấu trúc đến giải thích điểm affinity.
Duyệt hub công cụ đầy đủ — tìm PDB, tên sang SMILES, làm sạch PDB, hộp lưới, quy tắc 5, PDBQT.