Chuyển miễn phí trên trình duyệt · Công cụ Dock
SMILES sang SDF hoặc MOL, file cấu trúc trở lại SMILES, hoặc tên hóa chất thành một dòng SMILES.
Công cụ miễn phí Molecular Docking — chuyển đổi rồi dock online một cú nhấp. Mở trang docking
Thả file cấu trúc vào đây
.sdf / .mol / .pdb / .smi — chuyển ngay trên trình duyệt
Lần đầu sẽ tải Open Babel. Các lần sau chuyển trên máy này.
Kết quả hiện ở đây. SDF và MOL cũng được tải xuống.
SMILES là một dòng chữ của phân tử. SDF và MOL là file cấu trúc mà phần mềm vẽ và bước chuẩn bị docking thường yêu cầu. Trang này chuyển các định dạng đó trên trình duyệt, và có thể tra tên trên PubChem.
SMILES → SDF hoặc MOL tạo file 3D (hydro ở pH 7.4). SDF / MOL / PDB → SMILES đọc lại thành một dòng. Tên hóa chất dùng PubChem.
Mỗi dòng một SMILES là đủ cho một lô ligand nhỏ. Với file, thả SDF, MOL hoặc PDB.
Chép SMILES, tải file cấu trúc, hoặc gửi vào AutoDock Vina trên Dock. PDBQT cho Vina cục bộ nằm ở bộ chuyển khác.
Bấm để điền biểu mẫu. Không được lưu.
| Hợp chất | Cách dùng thường gặp | Bạn nhận được |
|---|---|---|
| Thuốc nhỏ, lần thử đầu | SMILES ↔ SDF gọn | |
| NSAID trong bài tập | Chuỗi linh hoạt, vẫn cỡ ligand | |
| Vòng dị vòng cứng | SMILES ngắn, nhúng 3D sạch | |
| Flavonoid sản phẩm tự nhiên | Ligand sinh viên hay dùng |
Dùng trang này khi cần “chuyển SMILES”: có SMILES và cần SDF hoặc MOL, hoặc có file và cần dòng SMILES. Tên hóa chất sang SMILES là cùng một tra cứu PubChem.
SMILES hoặc SDF ở đây đi vào biểu mẫu AutoDock Vina. Đó không phải PDBQT. Dòng lệnh cục bộ dùng bộ chuyển PDBQT, hoặc docking trực tuyến.
Tìm PDB ID độ phân giải cao từ tên protein (EGFR, ACE2, HER2) và docking một cú nhấp.
Chuyển tên thuốc hoặc IUPAC thành Canonical SMILES qua PubChem — sẵn sàng cho AutoDock Vina.
Loại bỏ nước HOH và bản ghi HETATM tùy chọn khỏi PDB trong trình duyệt — prep thụ thể sẵn sàng docking.
Tải ligand tham chiếu PDB/SDF để tính Center X/Y/Z và Size cho hộp tìm kiếm Vina — sao chép config.txt một cú nhấp.
PDB ID cộng SMILES này. Không cần cài Vina hay Open Babel.
Duyệt hub công cụ đầy đủ — tìm PDB, tên sang SMILES, làm sạch PDB, hộp lưới, quy tắc 5, PDBQT.