分子对接指南与操作教程

实验报告可用的答案：没有普适“好分数”。应看相对排序、重对接 RMSD、构象能隙，以及诚实的 Discussion 写法。

学生最常遇到的问题：PDBQT 解析失败、空构象、盒子设错、MGLTools 崩溃、价态/TORSDOF 警告、“配体未能对接”，以及在线规避办法。

面向论文的 Methods / Results / Discussion 模板（在线或本地 Vina）：应引用的参数、该放的图，以及可发表风格的导出清单。

用通俗语言解释分子对接是什么，并给出学生入口：在线跑 AutoDock Vina、下载课程用 PDF/ZIP，以及受体准备、打分与虚拟筛选相关指南。

跳过 MGLTools 折腾：清理 PDB、设定结合盒、在 pH 7.4 质子化 SMILES，并用 Meeko 生成 PDBQT——支持在线或本地。含链、价态与 TORSDOF 排错。

读懂 Vina 亲和力表、相对晶体的 RMSD、PoseBusters QC 与 PLIP 相互作用，以及何时不该迷信第一名构象。附分数阈值深入说明。

规划 20–40 化合物的课程筛选：库规模、按配体计费、批量 SMILES、SAR 表、给助教的图、Screening Pack vs 方案选择，以及结果保留期。

含配体晶体结构 vs 空口袋：何时晶体配体有帮助、重对接 RMSD 基准、AlphaFold pLDDT，以及可粘贴进实验报告的 Methods 表述。

完整 Dock 流程：PDB 6LU7 冒烟测试、批量 SMILES、Review setup、重对接、Run Vina、下载 ZIP、PyMOL 图，以及报告 Methods/Results/Discussion 模板。

对比 SwissDock、Webina、Colab、Dock 等在线工具与本地 Meeko+Vina——适合课程作业、批量 SAR 与免费服务器的选择，以及哪些不是 Vina。

面向药学/毒理学学生：脱靶机制对接、hERG/CYP 作业模式、报告中的 Lipinski/QED，以及 Vina 不能给出 LD50 的诚实边界。

无需付费证书：四周计划覆盖 PDB 素养、首次在线 Vina、重对接质控、报告插图，以及可选的小库筛选。