RDKit.js di browser · Alat Dock
Tempel SMILES untuk hitung MW, LogP, HBD, dan HBA — lulus/gagal Lipinski sebelum menghabiskan Credits docking.
Hasil muncul di sini setelah Anda mengirim SMILES yang valid.
Rule of 5 Christopher Lipinski adalah filter drug-likeness oral cepat dalam kimia medisinal dan virtual screening. Kalkulator gratis ini menjalankan RDKit.js (WebAssembly) di browser — tanpa ChemDraw desktop, login SwissADME, atau instal RDKit lokal.
Gunakan SMILES kanonik atau valid dari PubChem, ChemDraw, atau konverter nama ke SMILES kami. Cincin, cabang, dan muatan didukung jika RDKit dapat parse graf.
Berat molekul rata-rata, LogP Crippen, donor dan akseptor Lipinski dihitung lokal via WASM — tidak ada unggahan untuk pemeriksaan ini.
Lulus jika MW ≤ 500, LogP ≤ 5, HBD ≤ 5, dan HBA ≤ 10. Tinjau setiap centang hijau atau silang merah, lalu dock ligand menjanjikan dengan AutoDock Vina di Dock.
Setiap aturan kelipatan lima — hence the name. Gunakan sebagai filter skrining, bukan kebenaran ADMET mutlak.
Molekul lebih besar sering menunjukkan absorpsi intestinal lebih buruk. Pemeriksa ini menggunakan AMW rata-rata RDKit dari graf SMILES.
Koefisien oktanol-air memproxikan lipofilisitas. Kami melaporkan LogP Crippen dari RDKit — estimasi 2D cepat.
Donor Lipinski klasik menghitung gugus OH dan NH (lipinskiHBD). Terlalu banyak donor dapat menghambat permeasi membran.
Akseptor klasik menghitung atom N dan O (lipinskiHBA). Berbeda dari beberapa definisi HBA modern.
Tugas kuliah dan skrining awal sering mulai dari obat familiar. Klik nama untuk menjalankan pemeriksaan Rule of 5 RDKit langsung.
| Senyawa | Penggunaan tipikal | Yang diharapkan |
|---|---|---|
| Ligand pengajaran NSAID | Biasanya lulus keempatnya | |
| Asam karboksilat drug-like | Lulus oral Ro5 klasik | |
| Scaffold xantin kecil | Lulus MW/LogP rendah | |
| Flavonoid polifenol | Kasus tepi HBD/LogP | |
| Inhibitor kinase klasik | Ligand onkologi oral lebih besar | |
| Statin / asam lipofilik | Berguna diskusi pelanggaran |
AutoDock Vina dan alat terkait akan menilai hampir semua ligand yang dapat di-parse — bahkan senyawa yang kecil kemungkinannya obat oral. Menjalankan kalkulator Lipinski Rule of 5 terlebih dahulu membantu memprioritaskan SMILES drug-like.
Halaman ini menargetkan pencarian "rule of five calculator", "Lipinski drug-likeness checker", dan "SMILES MW LogP HBD HBA online". Berbeda dari spreadsheet, RDKit.js menerapkan definisi LogP Crippen dan donor/akseptor Lipinski yang konsisten.
Setelah lulus (atau sengaja menerima pelanggaran), konversi nama obat dengan alat nama kimia ke SMILES kami, temukan reseptor dengan pencarian PDB berdasarkan nama protein, bersihkan air dengan pembersih PDB, atur kotak dengan kalkulator grid box, lalu jalankan docking di beranda Dock.
Filter Lipinski adalah heuristik komputasi dari set obat oral era Pfizer. Lulus Rule of 5 tidak membuktikan biodisponibilitas oral — dan gagal tidak membuktikan senyawa tidak berguna.
Anggap pemeriksa ini sebagai triase sebelum docking dan diskusi SAR. Dalam laporan lab, nyatakan jelas deskriptor adalah estimasi RDKit, bukan hasil SwissADME atau assay terukur.
Jawaban singkat untuk mengevaluasi drug-likeness oral dari SMILES sebelum docking AutoDock Vina.
Filter aturan untuk molekul kecil oral: berat molekul ≤ 500, LogP ≤ 5, ≤ 5 donor H, dan ≤ 10 akseptor H. Heuristik komputasi, bukan jaminan biodisponibilitas.
Temukan PDB ID resolusi tinggi dari nama protein (EGFR, ACE2, HER2) dan docking dengan satu klik.
Konversi nama obat atau IUPAC ke Canonical SMILES via PubChem — siap untuk AutoDock Vina.
Ubah SMILES menjadi SDF atau MOL, atau SDF, MOL, dan PDB kembali menjadi SMILES, di browser. Nama kimia dicari di halaman yang sama.
Hapus air HOH dan catatan HETATM opsional dari PDB di browser — prep reseptor siap docking.
Unggah ligand referensi PDB/SDF untuk hitung Center X/Y/Z dan Size kotak pencarian Vina — salin config.txt dengan satu klik.
PDB ke PDBQT online gratis (juga SDF/SMILES) dengan Open Babel — tanpa MGLTools. Unduh file siap Vina atau lanjut docking cloud.
Isi SMILES, pilih reseptor, dan jalankan docking dengan laporan unduhan.
Jelajahi hub alat lengkap — pencari PDB, nama ke SMILES, pembersih PDB, kotak grid, aturan 5, PDBQT.