Pencarian gratis RCSB + AlphaFold · Alat Dock
Temukan PDB ID resolusi tinggi dari nama protein dan docking dengan satu klik — atau gunakan AlphaFold jika tidak ada kristal.
Hasil pencarian akan muncul di sini — diurutkan untuk persiapan docking molekuler.
Anda tidak perlu menghafal kode empat karakter atau menelusuri UI pencarian lanjutan RCSB penuh. Pencari PDB ID gratis ini memanggil API RCSB Search di browser, mengurutkan resolusi, dan menaut langsung ke docking online.
Gunakan nama gen/protein yang mahasiswa cari — EGFR, ACE2, HER2, CDK2, Spike protein, Mpro. Utamakan singkatan umum jika nama sistematik penuh memberi hit berisik.
Default Homo sapiens (Manusia). Beralih ke Mus musculus (Tikus) untuk konstruk murin, atau Semua jika organisme tidak diketahui. Filter spesies mengurangi unduhan ortolog salah sebelum docking.
Hasil diurutkan dengan Å lebih kecil (detail eksperimental lebih baik) di atas. Buka halaman RCSB untuk konfirmasi holo/apo dan kelengkapan pocket, lalu klik Dock dengan PDB ini untuk prefilled AutoDock Vina di Dock.
Lab kuliah dan virtual screening awal hampir selalu mulai dari target bernama, bukan PDB ID acak. Klik protein untuk pencarian RCSB langsung yang diurutkan untuk persiapan docking.
| Protein | Penggunaan umum | Tips docking |
|---|---|---|
| Kinase / coursework onkologi | Utamakan entri holo domain kinase (~≤2.5 Å) | |
| Entri virus / lab era COVID | Periksa spesies manusia + pocket terikat ligand | |
| Reseptor tirosin kinase | Konfirmasi konstruk ekstraseluler vs kinase | |
| Tutorial docking siklus sel | Banyak co-kristal situs ATP | |
| Set pengajaran RBD SARS-CoV-2 | Filter kompleks human ACE2 bila relevan | |
| Protease utama (mis. linase 6LU7) | Reseptor PR Vina klasik |
Manual lab dan tugas menamai target dalam bahasa Inggris (“dock terhadap EGFR”, “gunakan human ACE2”), tetapi AutoDock Vina membutuhkan file koordinat reseptor konkret — biasanya PDB ID empat karakter dari RCSB Protein Data Bank. Mahasiswa kehilangan waktu menelusuri puluhan entri yang berbeda resolusi, organisme, batas domain, dan apakah ligand co-kristal mendefinisikan pocket.
Alat pencarian PDB online gratis ini dibangun untuk alur ekor panjang: Anda tahu nama protein, butuh struktur resolusi tinggi yang defensible, dan ingin dock — tanpa skrip lokal atau hafal ID seperti 6LU7. Kami kueri RCSB dari browser, utamakan entri dengan resolusi dilaporkan, urutkan Å lebih kecil dulu, dan tampilkan spesies agar hindari unduhan ortolog salah.
Setelah memilih ID, klik Dock dengan PDB ini untuk membuka beranda Dock dengan reseptor terisi. Padukan dengan SMILES ligand — konversi nama obat dengan konverter nama kimia ke SMILES kami — lalu jalankan AutoDock Vina online dengan laporan unduhan. Untuk teori pemilihan struktur (holo vs apo, loop hilang), lihat Apakah docking molekuler membutuhkan struktur kristal?.
Resolusi saja tidak cukup. Sebelum klik Dock, tinjau ringkasan RCSB dengan checklist ramah mahasiswa ini.
Jawaban FAQ singkat untuk yang mencari “find PDB by protein name”, “PDB ID finder”, atau “best PDB for docking EGFR / ACE2”.
Utamakan struktur dengan resolusi numerik terendah (mis. 1.5 Å lebih baik dari 3.0 Å) — biasanya berarti data eksperimental lebih padat dan side-chain lebih jelas di dekat situs binding.
Bila memungkinkan, pilih holo (terikat ligand) spesies benar, periksa residu pocket (tanpa loop besar tidak ter-resolve), dan konfirmasi rantai yang akan di-dock. Lalu klik Dock dengan PDB ini.
Konversi nama obat atau IUPAC ke Canonical SMILES via PubChem — siap untuk AutoDock Vina.
Ubah SMILES menjadi SDF atau MOL, atau SDF, MOL, dan PDB kembali menjadi SMILES, di browser. Nama kimia dicari di halaman yang sama.
Hapus air HOH dan catatan HETATM opsional dari PDB di browser — prep reseptor siap docking.
Unggah ligand referensi PDB/SDF untuk hitung Center X/Y/Z dan Size kotak pencarian Vina — salin config.txt dengan satu klik.
Tempel SMILES untuk hitung MW, LogP, HBD, dan HBA dengan RDKit.js di browser — filter Lipinski lulus/gagal sebelum docking.
PDB ke PDBQT online gratis (juga SDF/SMILES) dengan Open Babel — tanpa MGLTools. Unduh file siap Vina atau lanjut docking cloud.
Tempel PDB ID + SMILES, tinjau kotak binding, dan jalankan docking dengan laporan unduhan.
Walkthrough orientasi mahasiswa dari pemilihan struktur hingga interpretasi skor afinitas.
Kapan pemilihan PDB paling penting untuk docking reseptor kaku dan pemeriksaan redock.
Jelajahi hub alat lengkap — pencari PDB, nama ke SMILES, pembersih PDB, kotak grid, aturan 5, PDBQT.