Pencarian gratis PubChem · Alat Dock
Hasilkan Canonical SMILES dan struktur 2D secara instan dari obat, produk alami, atau nama IUPAC — siap untuk docking molekuler.
Alat gratis Molecular Docking — dapatkan SMILES, lalu dock online sekali klik. Buka beranda docking
Gunakan nama obat bahasa Inggris atau nama IUPAC (mis. Aspirin). PubChem tidak mendukung nama Cina atau alfabet non-Latin lainnya.
Hasil pencarian akan muncul di sini — SMILES, struktur 2D, dan tautan dock sekali klik.
Anda tidak perlu ChemDraw, Open Babel, atau PubChem lokal. Konverter gratis ini memanggil API PubChem PUG REST di browser dan mengembalikan string SMILES siap docking dalam hitungan detik.
Gunakan nama obat umum (Aspirin), INN, sinonim dagang, atau IUPAC lengkap. Jika percobaan pertama gagal, prioritaskan sinonim yang paling umum.
Kami menyelesaikan nama di PubChem, menampilkan gambar 2D, dan Canonical SMILES (konektivitas) yang bisa disalin untuk notebook, skrip, atau input AutoDock Vina.
Klik Dock dengan ligand ini untuk membuka formulir AutoDock Vina dengan SMILES terisi. Padukan dengan PDB ID (atau gunakan pencari PDB berdasarkan nama protein) dan jalankan docking di browser.
Tugas kuliah dan virtual screening awal sering dimulai dari molekul familiar. Klik nama untuk SMILES PubChem langsung, lalu dock ke PDB target Anda.
| Senyawa | Penggunaan umum | Catatan |
|---|---|---|
| NSAID / ligand pengajaran | CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O | |
| Asam karboksilat drug-like | CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1 | |
| Flavonoid produk alami | Scaffold polifenol (cari langsung) | |
| Inhibitor kinase klasik | Ligand onkologi oral lebih besar | |
| Analog nukleotida | Antiviral / contoh era COVID | |
| Scaffold steroid | Ligand cincin fusi kaku |
Makalah dan manual lab menamai ligand dalam bahasa Inggris (“quercetin”, “remdesivir”), tetapi mesin docking membutuhkan struktur yang dapat dibaca mesin. SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) mengodekan atom dan ikatan dalam satu baris — tanpa unggah SDF untuk satu senyawa. Pipeline AutoDock Vina online biasanya membangun 3D, memprotonasi pada pH tertentu, lalu menulis PDBQT ligand.
Mencari PubChem berdasarkan nama adalah cara tercepat mendapatkan Canonical SMILES terpercaya tanpa ChemDraw. Halaman ini untuk kueri ekor panjang: Anda tahu senyawanya, butuh string, dan ingin dock — tanpa memasang RDKit atau Open Babel lokal.
Setelah konversi, padukan ligand dengan PDB ID reseptor. Jika hanya tahu nama protein (EGFR, ACE2, CDK2), gunakan alat pencarian PDB berdasarkan nama protein kami, lalu jalankan docking di beranda Dock.
Jawaban singkat untuk mahasiswa yang mengonversi nama obat, IUPAC, dan sinonim menjadi SMILES siap docking.
SMILES adalah notasi ringkas struktur molekul. Atom dan ikatan ditulis sebagai karakter — misalnya aspirin sering CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O. Cincin, cabang, muatan, dan stereokimia muat dalam satu baris yang dapat di-parse database dan alat docking.
Temukan PDB ID resolusi tinggi dari nama protein (EGFR, ACE2, HER2) dan docking dengan satu klik.
Ubah SMILES menjadi SDF atau MOL, atau SDF, MOL, dan PDB kembali menjadi SMILES, di browser. Nama kimia dicari di halaman yang sama.
Hapus air HOH dan catatan HETATM opsional dari PDB di browser — prep reseptor siap docking.
Unggah ligand referensi PDB/SDF untuk hitung Center X/Y/Z dan Size kotak pencarian Vina — salin config.txt dengan satu klik.
Tempel SMILES untuk hitung MW, LogP, HBD, dan HBA dengan RDKit.js di browser — filter Lipinski lulus/gagal sebelum docking.
PDB ke PDBQT online gratis (juga SDF/SMILES) dengan Open Babel — tanpa MGLTools. Unduh file siap Vina atau lanjut docking cloud.
Tempel PDB ID + SMILES, tinjau kotak binding, dan jalankan docking dengan laporan unduhan.
Jelajahi hub alat lengkap — pencari PDB, nama ke SMILES, pembersih PDB, kotak grid, aturan 5, PDBQT.