Prep de receptor só no navegador · Ferramentas Dock
Remova águas cristalográficas e heteroátomos opcionais de um PDB no navegador — depois faça docking no Dock.
Solte um arquivo .pdb aqui
ou clique para procurar · análise local · nunca enviado aos nossos servidores
Envie um PDB acima. As contagens de águas e heteroátomos removidos aparecerão aqui.
Você não precisa de scripts PyMOL, one-liners Open Babel ou instalação local Autodock só para remover água cristalográfica. Este limpador PDB gratuito analisa o arquivo com a API FileReader do navegador, remove registros HOH (e HETATM opcional) e permite baixar ou dockar em um clique — nada é enviado durante a limpeza.
Arraste ou procure um arquivo Protein Data Bank (.pdb / .ent) do RCSB, AlphaFold ou material de curso. A análise fica no seu dispositivo; nunca enviamos o arquivo a uma API de limpeza.
Águas (HOH, WAT, DOD, H2O) são sempre removidas. Mantenha a caixa marcada para remover outros heteroátomos — ligantes co-cristalizados, íons e solventes. Desmarque se precisar de um cofator ou íon no bolso.
Baixe *_clean.pdb para Vina/PyMOL local, ou clique em Dockar com este PDB limpo para pré-carregar o receptor no nosso formulário AutoDock Vina online — ainda apenas nesta aba até enviar um job.
Tutoriais de docking pedem «excluir águas e heteroátomos» antes de converter para PDBQT. Aqui está exatamente o que o limpador online faz com cada tipo de registro.
| Registro / conteúdo | Ação padrão | Por que importa para o Vina |
|---|---|---|
| Águas HOH / WAT | Sempre removidos | Águas cristalográficas preenchem o bolso e podem bloquear a pose do ligante. |
| Outros HETATM (ligantes, íons) | Removidos se a caixa estiver marcada | Ligantes co-cristalizados competem com seu SMILES; íons podem ser úteis — escolha deliberadamente. |
| ATOM (proteína / ácido nucleico) | Mantidos | Coordenadas padrão de aminoácidos / nucleotídeos permanecem como andaime do receptor. |
| HEADER, TITLE, REMARK, TER, END… | Mantidos | Metadados e terminadores de cadeia são preservados para legibilidade no PyMOL. |
| ANISOU / CONECT de átomos removidos | Não reescritos | Filtro de linhas simples para velocidade em cursos; limpe novamente no PyMOL se precisar de grafos CONECT perfeitos. |
Quase toda estrutura cristalina do RCSB inclui águas cristalográficas (resíduo HOH) e frequentemente um ligante co-cristalizado como HETATM. O AutoDock Vina trata esses átomos como parte do receptor rígido salvo que você os remova primeiro. Deixar centenas de águas no sítio de ligação pode bloquear poses estericamente e piorar benchmarks de redock estudantis.
A preparação clássica usa PyMOL, ChimeraX ou pipeline grep / Open Babel. Funciona — mas é lenta quando você só precisa de um receptor limpo para dever de casa. Este limpador PDB online gratuito serve esse fluxo: baixe um PDB (ou obtenha via nossa busca PDB por nome de proteína), remova HOH e HETATM opcional no navegador e dock com SMILES do nosso conversor de nome químico para SMILES.
Após limpar, clique em Dockar com este PDB limpo para abrir a página inicial do Dock com o receptor pré-carregado. O Dock online ainda adiciona hidrogênios e prepara PDBQT. Veja preparar receptores e ligantes para AutoDock Vina e docking molecular passo a passo.
Remover águas é necessário mas não suficiente. Revise esta lista após baixar o PDB limpo — especialmente para trabalhos avaliados e validação de redock.
No formato PDB, a maioria das águas são linhas HETATM cujo nome de resíduo é HOH (colunas 18–20). «Excluir todo HETATM» também exclui águas — mas «excluir só HOH» deixa íons, glicerol, PEG e fármacos co-cristalizados. Esta ferramenta sempre remove nomes de resíduo de água e opcionalmente todo HETATM restante para corresponder às duas instruções de laboratório mais comuns:
A cadeia principal de proteína e DNA/RNA permanece como registros ATOM. Não renomeamos cadeias, renumeramos resíduos nem adicionamos hidrogênios aqui — é intencional para que o limpador seja um primeiro passo transparente e auditável antes do docking.
Respostas curtas para quem busca «remover água de PDB», «excluir HETATM online», «limpar PDB para docking» ou «remover HOH antes do AutoDock Vina».
Não. A limpeza usa apenas a API FileReader do navegador. As coordenadas ficam na sua máquina nesta etapa. Se depois clicar em Dockar com este PDB limpo e enviar um job, o Dock recebe o texto limpo que você escolheu — igual a enviar um arquivo na página inicial.
Encontre PDB IDs de alta resolução a partir do nome da proteína (EGFR, ACE2, HER2) e faça docking com um clique.
Converta nomes de fármacos ou IUPAC em Canonical SMILES via PubChem — pronto para AutoDock Vina.
Converta SMILES para SDF ou MOL, ou SDF, MOL e PDB de volta para SMILES, no navegador. O nome químico é buscado na mesma página.
Envie um ligante de referência PDB/SDF para calcular Center X/Y/Z e Size da caixa de busca Vina — copie config.txt com um clique.
Cole SMILES para calcular MW, LogP, HBD e HBA com RDKit.js no navegador — filtro Lipinski pass/fail antes do docking.
Converta SMILES, SDF ou PDB em PDBQT do AutoDock Vina no navegador com Open Babel — sem MGLTools.
Envie um receptor limpo ou cole um PDB ID, adicione SMILES, revise a caixa de ligação e execute docking com relatório para download.
Checklist completo após remover águas — protonação, PDBQT e opções de ligante.
Guia orientado a estudantes da escolha da estrutura à interpretação de afinidades.
Explore o hub completo — buscador PDB, nome para SMILES, limpador PDB, caixa grid, regra de 5, PDBQT.