Conversão grátis no navegador · Ferramentas Dock
SMILES para SDF ou MOL, arquivos de estrutura de volta para SMILES, ou um nome químico para uma linha SMILES.
Ferramenta gratuita do Molecular Docking — converta e doche online em um clique. Abrir página de docking
Solte um arquivo de estrutura
.sdf / .mol / .pdb / .smi — a conversão fica no navegador
A primeira execução baixa o Open Babel. Depois, a conversão continua neste dispositivo.
O resultado aparece aqui. SDF e MOL também são baixados.
SMILES é uma linha de texto da molécula. SDF e MOL são os arquivos de estrutura que programas de desenho e de preparação para docking pedem. Esta página converte entre esses formatos no navegador e pode buscar um nome no PubChem.
SMILES → SDF ou MOL gera um arquivo 3D (hidrogênios em pH 7.4). SDF / MOL / PDB → SMILES devolve a linha. O nome químico usa o PubChem.
Um SMILES por linha serve para um lote pequeno. Para arquivos, solte SDF, MOL ou PDB.
Copie o SMILES, baixe a estrutura ou envie para o AutoDock Vina no Dock. O PDBQT para Vina local fica em outro conversor.
Preenchem o formulário. Não são salvos.
| Composto | Uso comum | O que você obtém |
|---|---|---|
| Fármaco pequeno, primeiro teste | SMILES ↔ SDF compacto | |
| AINE de trabalho de curso | Cadeia flexível, tamanho de ligante | |
| Heterociclo rígido | SMILES curto, 3D limpo | |
| Flavonoide de produto natural | Ligante comum em cursos |
Use esta página para “conversor SMILES”: você tem SMILES e precisa de SDF ou MOL, ou tem um arquivo e precisa da linha SMILES. Nome químico para SMILES é a mesma consulta PubChem.
O SMILES ou SDF daqui entra no formulário do AutoDock Vina. Não é um PDBQT. Para a linha de comando local use o conversor PDBQT, ou faça docking online.
Encontre PDB IDs de alta resolução a partir do nome da proteína (EGFR, ACE2, HER2) e faça docking com um clique.
Converta nomes de fármacos ou IUPAC em Canonical SMILES via PubChem — pronto para AutoDock Vina.
Remova águas HOH e registros HETATM opcionais de um PDB no navegador — prep de receptor pronto para docking.
Envie um ligante de referência PDB/SDF para calcular Center X/Y/Z e Size da caixa de busca Vina — copie config.txt com um clique.
PDB ID mais este SMILES. Sem instalar Vina ou Open Babel.
Explore o hub completo — buscador PDB, nome para SMILES, limpador PDB, caixa grid, regra de 5, PDBQT.