Open Babel no seu navegador · Ferramentas Dock
Converta ligantes para PDBQT do AutoDock Vina com Open Babel WASM — sem instalar MGLTools.
Solte um arquivo molecular aqui
ou clique para procurar · conversão local
A primeira execução baixa o motor Open Babel uma vez.
Conversões bem-sucedidas baixam automaticamente um .pdbqt.
AutoDock Vina y AutoDock 4 esperan ligandos (y a menudo receptores) como PDBQT. Este convertidor gratuito ejecuta Open Babel WebAssembly en su navegador.
Seleccione SMILES, SDF, MOL, MOL2 o PDB — o deje Auto-detectar. Suba un archivo o pegue texto. Empareje nombres de fármacos con nuestra herramienta nombre a SMILES si solo tiene IUPAC o nombre comercial.
En el primer uso cargamos el motor Open Babel (~8 MB). Los SMILES obtienen embedding 3D; hidrógenos a pH 7.4; cargas Gasteiger y tipos AutoDock en PDBQT.
El archivo se descarga automáticamente para scripts Vina/Smina locales. O haga clic en ¡Formato listo! para Meeko + AutoDock Vina en línea en Dock.
PDBQT extiende la tabla PDB con carga parcial (Q) y tipo de átomo AutoDock (T).
Históricamente se instalaba MGLTools / AutoDockTools o se ejecutaba obabel. Esta página ofrece la misma intención en el navegador.
En trabajos en la nube de Dock puede omitir PDBQT manual: pegue PDB ID y SMILES y Meeko prepara server-side. Use este convertidor para archivos descargables.
Elija la ruta según cómo almacena su estructura. Entradas tamaño ligando son el punto ideal para WASM en navegador.
Pegue notación lineal (SMILES de PubChem o nuestra herramienta nombre a SMILES). Open Babel embede 3D, añade H a pH 7.4 y escribe tipos AutoDock.
Suba tabla de conexión MDL. SDF multi-molécula se concatena en un flujo PDBQT.
Use extractos PDB tamaño ligando. Receptores cristalinos completos pueden exceder memoria del navegador.
MOL2 Tripos aceptado para re-tipar átomos sin MGLTools.
Haga clic en un compuesto familiar para pegar SMILES y ejecutar el convertidor en vivo.
| Compuesto | Uso típico | Qué esperar |
|---|---|---|
| Ligando tutorial mínimo | PDBQT diminuto — buena primera prueba | |
| Ejemplo clásico oral | Orgánico pequeño con éster + ácido | |
| Ligando AINE de curso | Cadena lateral flexible → TORSDOF en Vina | |
| Demo heterociclo rígido | PDBQT anillo fusionado compacto |
Los tres producen PDBQT, pero encajan en distintas etapas del flujo de acoplamiento.
| Herramienta | Mejor para | Cargas / tipado | Instalación |
|---|---|---|---|
| Este convertidor (Open Babel WASM) | Ligando SDF/SMILES → PDBQT rápido en navegador | Gasteiger–Marsili | Ninguna (primera carga ~8 MB WASM) |
| MGLTools / AutoDockTools | Prep receptor legacy, cadenas flexibles, GUI ADT | Gasteiger (ADT) / personalizado | Stack Python de escritorio |
| Meeko (nube Dock) | Prep producción Vina con TORSDOF | Meeko / tipado AutoDock | Ninguna en Dock — server-side |
| obabel CLI | Scripts por lotes en portátil o HPC | Gasteiger vía --partialcharge | conda / apt Open Babel |
Equivalente CLI: obabel input.sdf -O out.pdbqt -h --partialcharge gasteiger.
Los motores de acoplamiento no ven un boceto ChemDraw como los humanos. Convertir a PDBQT añade protonación, cargas y tipado para que Vina evalúe términos de forma consistente.
Secuencia práctica en Dock: nombre químico → SMILES, filtro Lipinski Rule of 5, nombre proteína → PDB ID, limpiar aguas / HETATM, caja grid, luego este convertidor PDBQT o la página principal Dock.
Esta página cubre PDB a PDBQT online, convertidor SDF a PDBQT, SMILES a PDBQT gratis y preparar ligando para Vina sin MGLTools.
Ligandos convierten bien en el navegador.
Receptores completos son más pesados; prefiera PDB Cleaner + Meeko en la nube de Dock.
Límites suaves: ~2.5 MB de texto y ~20 000 átomos.
Respuestas breves para preparar ligandos AutoDock Vina desde SMILES, SDF o PDB sin MGLTools.
PDBQT es un archivo de coordenadas tipo PDB que también almacena cargas parciales (Q) y tipos de átomo AutoDock (T).
Encontre PDB IDs de alta resolução a partir do nome da proteína (EGFR, ACE2, HER2) e faça docking com um clique.
Converta nomes de fármacos ou IUPAC em Canonical SMILES via PubChem — pronto para AutoDock Vina.
Converta SMILES para SDF ou MOL, ou SDF, MOL e PDB de volta para SMILES, no navegador. O nome químico é buscado na mesma página.
Remova águas HOH e registros HETATM opcionais de um PDB no navegador — prep de receptor pronto para docking.
Envie um ligante de referência PDB/SDF para calcular Center X/Y/Z e Size da caixa de busca Vina — copie config.txt com um clique.
Cole SMILES para calcular MW, LogP, HBD e HBA com RDKit.js no navegador — filtro Lipinski pass/fail antes do docking.
Cole PDB ID, adicione SMILES e execute docking na nuvem com prep Meeko.
Explore o hub completo — buscador PDB, nome para SMILES, limpador PDB, caixa grid, regra de 5, PDBQT.