Consulta gratuita RCSB + AlphaFold · Ferramentas Dock
Encontre PDB IDs de alta resolução por nome de proteína e faça docking com um clique — ou use AlphaFold quando não houver cristal.
Os resultados aparecerão aqui — classificados para preparação de docking molecular.
Você não precisa memorizar códigos de quatro caracteres nem navegar a busca avançada completa do RCSB. Este buscador gratuito de PDB ID consulta a API RCSB Search no navegador, ordena por resolução e liga diretamente ao docking online.
Use nomes gênicos ou de proteína que estudantes realmente buscam — EGFR, ACE2, HER2, CDK2, Spike protein, Mpro. Prefira a abreviação mais usada se o nome sistemático completo der ruído.
Padrão é Homo sapiens (Humano). Mude para Mus musculus (Camundongo) para constructos murinos, ou Todas quando a espécie é desconhecida. Filtros de espécie reduzem downloads de ortólogos errados antes do docking.
Resultados ordenados com menor Å (melhor detalhe experimental) no topo. Abra a página RCSB para confirmar holo/apo e completude do pocket, depois clique em Dockar com este PDB para preencher AutoDock Vina no Dock.
Labs de curso e triagem virtual quase sempre começam com um alvo nomeado, não um PDB ID aleatório. Clique em uma proteína para busca RCSB ao vivo ordenada para preparação de docking.
| Proteína | Uso típico | Dica de docking |
|---|---|---|
| Quinase / curso de oncologia | Prefira entradas holo do domínio quinase (~≤2.5 Å) | |
| Entrada viral / labs era COVID | Verifique espécie humana + pocket com ligante | |
| Receptor tirosina quinase | Confirme constructo extracelular vs quinase | |
| Tutoriais de docking ciclo celular | Muitos co-cristais do sítio ATP | |
| Conjuntos didáticos RBD SARS-CoV-2 | Filtre complexo human ACE2 quando relevante | |
| Protease principal (ex.: linhagem 6LU7) | Receptor clássico de dever de casa Vina |
Manuais e trabalhos nomeiam alvos em inglês (“dock contra EGFR”, “usar human ACE2”), mas AutoDock Vina precisa de arquivo de coordenadas concreto — geralmente um PDB ID de quatro caracteres do RCSB Protein Data Bank. Estudantes perdem tempo entre dezenas de entradas que diferem em resolução, organismo, limites de domínio e se ligante co-cristal define o pocket.
Esta ferramenta gratuita online cobre esse fluxo de cauda longa: você sabe o nome da proteína, precisa de estrutura de alta resolução defensável e quer dockar — sem scripts locais ou memorizar IDs como 6LU7. Consultamos RCSB no navegador, preferimos entradas com resolução reportada, ordenamos menor Å primeiro e mostramos espécie para evitar ortólogos errados.
Após escolher um ID, clique em Dockar com este PDB para abrir Dock com receptor preenchido. Combine com SMILES de ligante — converta nomes de fármacos com nosso conversor de nome químico para SMILES — e execute AutoDock Vina online com relatório para download. Para teoria de escolha de estrutura (holo vs apo, loops faltantes), veja O docking molecular precisa de estrutura cristalina?.
Resolução sozinha não basta. Antes de dockar, revise o resumo RCSB com esta checklist amigável para estudantes.
Respostas FAQ curtas para quem buscou “find PDB by protein name”, “PDB ID finder” ou “best PDB for docking EGFR / ACE2”.
Prefira estrutura com menor resolução numérica (ex.: 1.5 Å é melhor que 3.0 Å) — geralmente significa dados experimentais mais densos e side-chains mais claros perto do sítio de ligação.
Quando possível, escolha holo (com ligante) da espécie correta, verifique resíduos do pocket (sem loops grandes não resolvidos) e confirme a cadeia. Depois clique em Dockar com este PDB.
Converta nomes de fármacos ou IUPAC em Canonical SMILES via PubChem — pronto para AutoDock Vina.
Converta SMILES para SDF ou MOL, ou SDF, MOL e PDB de volta para SMILES, no navegador. O nome químico é buscado na mesma página.
Remova águas HOH e registros HETATM opcionais de um PDB no navegador — prep de receptor pronto para docking.
Envie um ligante de referência PDB/SDF para calcular Center X/Y/Z e Size da caixa de busca Vina — copie config.txt com um clique.
Cole SMILES para calcular MW, LogP, HBD e HBA com RDKit.js no navegador — filtro Lipinski pass/fail antes do docking.
Converta SMILES, SDF ou PDB em PDBQT do AutoDock Vina no navegador com Open Babel — sem MGLTools.
Cole PDB ID + SMILES, revise a caixa de ligação e execute docking com relatório para download.
Walkthrough orientado a estudantes da escolha de estrutura à interpretação de scores de afinidade.
Quando a escolha PDB importa mais para docking de receptor rígido e verificações redock.
Explore o hub completo — buscador PDB, nome para SMILES, limpador PDB, caixa grid, regra de 5, PDBQT.