Ayudante gratuito de espacio de búsqueda Vina · Herramientas Dock
Sube un ligando de referencia para calcular Center X/Y/Z y Size — copia config.txt o abre Dock con caja personalizada.
Suelte aquí un archivo de ligando de referencia
.pdb (HETATM) o .sdf / .mol · solo JS local · nunca se sube
Suba un ligando de referencia arriba. Center y Size aparecerán aquí para su config.txt de Vina.
No necesita PyMOL, ChimeraX ni AutoDockTools solo para obtener center_x / center_y / center_z y tamaños de caja. Suba un ligando de referencia, ajuste el padding y copie un fragmento config.txt listo para Vina — todo en el navegador.
Prefiera una estructura holo: leemos HETATM no disolvente (ligando co-cristalizado). También puede subir un ligando extraído .sdf/.mol o un PDB solo ligando con registros ATOM. El análisis usa solo la API FileReader.
Center es la media aritmética de X/Y/Z de los átomos. Size en cada eje es la extensión del bounding box del ligando (max − min) más su padding. Si hay varios grupos HETATM, elija el ligando correcto antes de copiar.
Pegue el fragmento en un config local de AutoDock Vina, o haga clic en Copiar coordenadas e iniciar acoplamiento para abrir nuestro formulario en línea con el box personalizado prefijado.
AutoDock Vina no busca en toda la proteína. Muestrea poses del ligando dentro de un espacio de búsqueda rectangular (a menudo llamado grid box o caja de acoplamiento) definido por un punto central y longitudes en X, Y y Z en Ångströms. Esos seis números — center_x, center_y, center_z y size_x, size_y, size_z — son la causa más común de resultados de «bolsillo incorrecto» o reacoplamiento fallido en trabajos de estudiantes y métodos.
La forma estándar de colocar la caja para una estructura holo es centrarla en el ligando de referencia co-cristalizado (la molécula ya unida en el PDB). Promediar las coordenadas atómicas de ese ligando da un centro de bolsillo reproducible; extender su bounding box unos Ångströms da un volumen de búsqueda suficiente para análogos sin explotar el espacio de búsqueda.
Esta calculadora gratuita de grid box está pensada para ese flujo de cola larga: ya tiene un PDB o SDF de ligando, necesita coordenadas exactas de Vina y quiere acoplar a continuación — sin instalar AutoDockTools ni scriptear Biopython localmente. Combine la caja con un receptor limpio de nuestro limpiador PDB y SMILES de ligando de nombre a SMILES, luego ejecute acoplamiento en la página principal de Dock.
AutoDock Vina local lee un archivo config de texto plano. El fragmento que copia esta herramienta corresponde 1:1 con las claves de espacio de búsqueda abajo.
| Parámetro | Significado | Cómo lo calculamos |
|---|---|---|
| center_x / y / z | Centro geométrico de la caja de búsqueda (Å) | Media de coordenadas atómicas del ligando seleccionado |
| size_x / y / z | Longitud de la caja en cada eje (Å) | Extensión del ligando (max − min) + padding (5–10 Å) |
| receptor / ligand | Rutas a entradas PDBQT (Vina local) | No se establece aquí — añada en su config tras la preparación |
| exhaustiveness | Exhaustividad de búsqueda global | No forma parte de la caja; Dock en línea usa 8 por defecto |
Fragmento de ejemplo tras subir un ligando de referencia:
center_x = 12.345 center_y = -3.210 center_z = 18.900 size_x = 22.5 size_y = 20.0 size_z = 18.0
Cajas demasiado grandes aumentan falsos positivos y ralentizan el muestreo; cajas pequeñas recortan poses y perjudican el RMSD de reacoplamiento. Use estos puntos de partida y verifique con un reacoplamiento de ligando nativo cuando sea posible.
| Caso de uso | Padding sugerido | Caja típica |
|---|---|---|
| Reacoplamiento tipo fármaco / análogos cercanos | 5–8 Å | ~18–25 Å por lado tras padding |
| Peptidomimético mayor o ligando flexible | 8–10 Å | Observe size_z si el bolsillo es profundo |
| Cubo predeterminado de curso / Métodos | A menudo cubo fijo 20×20×20 Å | Centrar en ligando co-cristal; citar PDB + caja |
| Bolsillo apo / sin ligando de referencia | N/A para esta herramienta | Use anclajes de residuos o predicción de bolsillo |
Para una lista completa de preparación (limpieza del receptor, protonación, comprobaciones de reacoplamiento), vea preparar receptores y ligandos para AutoDock Vina y la guía de herramientas AutoDock Vina en línea.
Use esta calculadora cuando tenga un inhibidor, sustrato o fragmento co-cristalizado en el sitio de unión y quiera que Vina busque en ese bolsillo el mismo ligando (reacoplamiento) o análogos cercanos. Extraiga el ligando como SDF si su PDB tiene muchos heteroátomos, o suba el PDB holo completo y seleccione el grupo HETATM correcto.
No confíe solo en el centrado del ligando para estructuras apo, sitios alostéricos lejos del ligando co-cristal, o cuando el ligando cristalográfico es un artefacto de cristal (tampón, detergente) y no el ligador farmacológicamente relevante. En esos casos use puntos medios de residuos catalíticos, definiciones de bolsillo publicadas o la clasificación automática de bolsillos de Dock — y aún registre el center_* / size_* final en su párrafo de Métodos.
Antes de acoplar análogos, limpie aguas y heteroátomos no deseados del receptor con el PDB Cleaner. Mantenga el archivo de ligando de referencia separado para esta calculadora, de modo que la definición del bolsillo sea independiente del archivo de preparación del receptor que envíe a Vina.
Respuestas breves para estudiantes e investigadores que configuran coordenadas del espacio de búsqueda de AutoDock Vina desde un ligando de referencia.
El grid box es el volumen rectangular donde AutoDock Vina muestrea poses del ligando. Se define por un centro (X, Y, Z en Å) y tamaños en cada eje. Todo fuera de esa caja se ignora durante el acoplamiento, por lo que el centro debe estar en el bolsillo de unión deseado.
Encuentra PDB ID de alta resolución a partir del nombre de proteína (EGFR, ACE2, HER2) y haz docking con un clic.
Convierte nombres de fármacos o IUPAC a Canonical SMILES vía PubChem — listo para AutoDock Vina.
Convierte SMILES a SDF o MOL, o SDF, MOL y PDB de vuelta a SMILES, en el navegador. El nombre químico se busca en la misma página.
Elimina aguas HOH y registros HETATM opcionales de un PDB en tu navegador — prep de receptor listo para docking.
Pega SMILES para calcular MW, LogP, HBD y HBA con RDKit.js en el navegador — filtro Lipinski pass/fail antes del docking.
Convierte SMILES, SDF o PDB a PDBQT de AutoDock Vina en el navegador con Open Babel — sin MGLTools.
Pegue un PDB ID o suba un receptor, añada SMILES, configure el grid box y ejecute acoplamiento con informe descargable.
Flujo completo para estudiantes: receptor, ligando, caja de unión, ejecución Vina y cómo reportar afinidad y poses.
Explora el hub completo — buscador PDB, nombre a SMILES, limpiador PDB, caja grid, regla de 5, PDBQT.