Consulta gratuita PubChem · Herramientas Dock
Genera al instante Canonical SMILES y una estructura 2D desde cualquier fármaco, producto natural o nombre IUPAC — listo para docking molecular.
Herramienta gratuita de Molecular Docking — obtén un SMILES y acopla en un clic. Abrir página de acoplamiento
Use nombres de fármacos en inglés o nombres IUPAC (p. ej. Aspirin). PubChem no admite nombres en chino u otros alfabetos no latinos.
Los resultados aparecerán aquí — SMILES, estructura 2D y enlace de acoplamiento con un clic.
No necesita ChemDraw, Open Babel ni PubChem local. Este convertidor gratuito llama a la API PubChem PUG REST en su navegador y devuelve un SMILES listo para acoplamiento en segundos.
Use un nombre común (Aspirin), INN, sinónimo comercial o IUPAC completo. Si falla el primer intento, prefiera el sinónimo más usado.
Resolvemos el nombre en PubChem, mostramos la representación 2D y el Canonical SMILES (conectividad) que puede copiar para notebooks, scripts o AutoDock Vina.
Haga clic en Acoplar con este ligando para abrir AutoDock Vina con el SMILES prefijado. Combínelo con un PDB ID (o use nuestro buscador PDB por nombre de proteína) y ejecute el acoplamiento en el navegador.
Los trabajos de curso y el cribado virtual suelen empezar con moléculas conocidas. Haga clic en un nombre para obtener el SMILES en vivo de PubChem y acoplar contra su PDB objetivo.
| Compuesto | Uso típico | Notas |
|---|---|---|
| AINE / ligando didáctico | CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O | |
| Ácido carboxílico drug-like | CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1 | |
| Flavonoide de producto natural | Andamio polifenólico (consultar en vivo) | |
| Clásico inhibidor de quinasa | Ligando oncológico oral mayor | |
| Análogo nucleotídico | Antiviral / ejemplo era COVID | |
| Andamio esteroide | Ligando de anillos fusionados rígido |
Los artículos y manuales nombran ligandos en inglés (“quercetin”, “remdesivir”), pero los motores de acoplamiento necesitan una estructura legible por máquina. SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) codifica átomos y enlaces en una línea — sin SDF para un solo compuesto. Los flujos AutoDock Vina en línea suelen generar 3D, protonar a un pH dado y escribir PDBQT del ligando.
Buscar en PubChem por nombre es la forma más rápida de obtener un Canonical SMILES confiable sin ChemDraw. Esta página cubre la consulta de cola larga: conoce el compuesto, necesita la cadena y quiere acoplar — sin instalar RDKit u Open Babel localmente.
Tras la conversión, empareje el ligando con un PDB ID de receptor. Si solo conoce el nombre de la proteína (EGFR, ACE2, CDK2), use nuestra herramienta de búsqueda PDB por nombre de proteína y ejecute el acoplamiento en la página principal de Dock.
Respuestas breves para estudiantes que convierten nombres de fármacos, IUPAC y sinónimos en SMILES listos para acoplamiento.
SMILES es una notación compacta de estructuras moleculares. Átomos y enlaces se escriben como caracteres — por ejemplo aspirin suele ser CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O. Anillos, ramas, cargas y estereoquímica caben en una línea que bases de datos y herramientas de acoplamiento pueden parsear.
Encuentra PDB ID de alta resolución a partir del nombre de proteína (EGFR, ACE2, HER2) y haz docking con un clic.
Convierte SMILES a SDF o MOL, o SDF, MOL y PDB de vuelta a SMILES, en el navegador. El nombre químico se busca en la misma página.
Elimina aguas HOH y registros HETATM opcionales de un PDB en tu navegador — prep de receptor listo para docking.
Sube un ligando de referencia PDB/SDF para calcular Center X/Y/Z y Size de la caja de búsqueda Vina — copia config.txt con un clic.
Pega SMILES para calcular MW, LogP, HBD y HBA con RDKit.js en el navegador — filtro Lipinski pass/fail antes del docking.
Convierte SMILES, SDF o PDB a PDBQT de AutoDock Vina en el navegador con Open Babel — sin MGLTools.
Pegue PDB ID + SMILES, revise la caja de unión y ejecute el acoplamiento con informe descargable.
Explora el hub completo — buscador PDB, nombre a SMILES, limpiador PDB, caja grid, regla de 5, PDBQT.