RDKit.js en el navegador · Herramientas Dock
Pega SMILES para calcular MW, LogP, HBD y HBA — pass/fail Lipinski antes de gastar Credits de docking.
Los resultados aparecerán aquí tras enviar un SMILES válido.
La Rule of 5 de Christopher Lipinski es un filtro rápido de drug-likeness oral usado en química medicinal y cribado virtual. Esta calculadora gratuita ejecuta RDKit.js (WebAssembly) en su navegador — sin ChemDraw de escritorio, login SwissADME ni instalación local de RDKit para los cuatro descriptores clásicos.
Use SMILES canónico o válido de PubChem, ChemDraw o nuestro convertidor de nombre a SMILES. Anillos, ramas y cargas son compatibles cuando RDKit puede parsear el grafo.
Peso molecular medio, LogP Crippen, donores y aceptores Lipinski se calculan localmente vía WASM — nada se sube para esta comprobación.
Pasa cuando MW ≤ 500, LogP ≤ 5, HBD ≤ 5 y HBA ≤ 10. Revise cada marca verde o cruz roja, luego acople ligandos prometedores con AutoDock Vina en Dock.
Cada regla es múltiplo de cinco — de ahí el nombre. Úselas como filtro de cribado, no como verdad ADMET absoluta.
Las moléculas mayores suelen mostrar peor absorción intestinal. Este verificador usa AMW de RDKit del grafo SMILES.
El coeficiente octanol-agua aproxima la lipofilia. Informamos LogP Crippen de RDKit — estimación 2D rápida, no valor experimental.
Los donores Lipinski clásicos cuentan grupos OH y NH (lipinskiHBD). Demasiados donores pueden dificultar la permeación de membrana.
Los aceptores clásicos cuentan átomos N y O (lipinskiHBA). Difiere de algunas definiciones modernas de HBA.
Los trabajos y cribados tempranos suelen empezar con fármacos conocidos. Haga clic en un nombre para ejecutar la comprobación Rule of 5 con RDKit en vivo.
| Compuesto | Uso típico | Qué esperar |
|---|---|---|
| Ligando didáctico AINE | Suele pasar las cuatro | |
| Ácido carboxílico drug-like | Paso oral clásico Ro5 | |
| Andamio xantínico pequeño | Paso por MW/LogP bajos | |
| Flavonoide polifenólico | Casos límite HBD/LogP | |
| Clásico inhibidor de quinasa | Ligando oncológico oral mayor | |
| Estatin / ácido lipofílico | Útil para discutir violaciones |
AutoDock Vina y herramientas relacionadas puntúan casi cualquier ligando parseable — incluso compuestos poco probables como fármacos orales. Ejecutar primero una calculadora Lipinski Rule of 5 ayuda a priorizar SMILES drug-like antes de gastar tiempo en polifenoles enormes, péptidos o hits ultra-lipofílicos.
Esta página cubre la intención de búsqueda de "rule of five calculator", "Lipinski drug-likeness checker" y "SMILES MW LogP HBD HBA online". A diferencia de hojas de cálculo, RDKit.js aplica definiciones consistentes de LogP Crippen y donores/aceptores Lipinski.
Tras pasar (o aceptar una violación), convierta un nombre con nuestra herramienta nombre químico a SMILES, encuentre un receptor con búsqueda PDB por nombre de proteína, limpie aguas con el limpiador PDB, defina la caja con la calculadora de caja de grid y ejecute acoplamiento en la página principal de Dock.
Los filtros Lipinski son heurísticas computacionales de conjuntos orales de la era Pfizer. Más allá de Ro5, muchos equipos vigilan reglas Veber y QED. Pasar Rule of 5 no prueba biodisponibilidad oral, solubilidad ni baja toxicidad — y fallar no prueba inutilidad.
Trate este verificador como triaje antes del acoplamiento y discusión SAR. En informes de laboratorio, indique claramente que los descriptores son estimaciones RDKit, no resultados SwissADME ni ensayos medidos.
Respuestas breves para evaluar drug-likeness oral desde SMILES antes del acoplamiento AutoDock Vina.
Filtro heurístico para moléculas pequeñas orales: peso molecular ≤ 500, LogP ≤ 5, ≤ 5 donadores H y ≤ 10 aceptores H. Heurística computacional, no garantía de biodisponibilidad.
Encuentra PDB ID de alta resolución a partir del nombre de proteína (EGFR, ACE2, HER2) y haz docking con un clic.
Convierte nombres de fármacos o IUPAC a Canonical SMILES vía PubChem — listo para AutoDock Vina.
Convierte SMILES a SDF o MOL, o SDF, MOL y PDB de vuelta a SMILES, en el navegador. El nombre químico se busca en la misma página.
Elimina aguas HOH y registros HETATM opcionales de un PDB en tu navegador — prep de receptor listo para docking.
Sube un ligando de referencia PDB/SDF para calcular Center X/Y/Z y Size de la caja de búsqueda Vina — copia config.txt con un clic.
Convierte SMILES, SDF o PDB a PDBQT de AutoDock Vina en el navegador con Open Babel — sin MGLTools.
Prefije SMILES, elija receptor y ejecute acoplamiento con informe descargable.
Explora el hub completo — buscador PDB, nombre a SMILES, limpiador PDB, caja grid, regla de 5, PDBQT.