Open Babel en tu navegador · Herramientas Dock
Convierte ligandos a PDBQT de AutoDock Vina con Open Babel WASM — sin instalar MGLTools.
Suelte un archivo molecular aquí
o haga clic para buscar · .smi / .sdf / .mol / .pdb · la conversión es local
La primera ejecución descarga el motor Open Babel una vez, luego convierte con cargas Gasteiger en memoria.
Las conversiones exitosas descargan automáticamente un archivo .pdbqt. Un resumen aparece aquí después.
AutoDock Vina y AutoDock 4 esperan ligandos (y a menudo receptores) como PDBQT. Este convertidor gratuito ejecuta Open Babel WebAssembly en su navegador.
Seleccione SMILES, SDF, MOL, MOL2 o PDB — o deje Auto-detectar. Suba un archivo o pegue texto. Empareje nombres de fármacos con nuestra herramienta nombre a SMILES si solo tiene IUPAC o nombre comercial.
En el primer uso cargamos el motor Open Babel (~8 MB). Los SMILES obtienen embedding 3D; hidrógenos a pH 7.4; cargas Gasteiger y tipos AutoDock en PDBQT.
El archivo se descarga automáticamente para scripts Vina/Smina locales. O haga clic en ¡Formato listo! para Meeko + AutoDock Vina en línea en Dock.
PDBQT extiende la tabla PDB con carga parcial (Q) y tipo de átomo AutoDock (T).
Históricamente se instalaba MGLTools / AutoDockTools o se ejecutaba obabel. Esta página ofrece la misma intención en el navegador.
En trabajos en la nube de Dock puede omitir PDBQT manual: pegue PDB ID y SMILES y Meeko prepara server-side. Use este convertidor para archivos descargables.
Elija la ruta según cómo almacena su estructura. Entradas tamaño ligando son el punto ideal para WASM en navegador.
Pegue notación lineal (SMILES de PubChem o nuestra herramienta nombre a SMILES). Open Babel embede 3D, añade H a pH 7.4 y escribe tipos AutoDock.
Suba tabla de conexión MDL. SDF multi-molécula se concatena en un flujo PDBQT.
Use extractos PDB tamaño ligando. Receptores cristalinos completos pueden exceder memoria del navegador.
MOL2 Tripos aceptado para re-tipar átomos sin MGLTools.
Haga clic en un compuesto familiar para pegar SMILES y ejecutar el convertidor en vivo.
| Compuesto | Uso típico | Qué esperar |
|---|---|---|
| Ligando tutorial mínimo | PDBQT diminuto — buena primera prueba | |
| Ejemplo clásico oral | Orgánico pequeño con éster + ácido | |
| Ligando AINE de curso | Cadena lateral flexible → TORSDOF en Vina | |
| Demo heterociclo rígido | PDBQT anillo fusionado compacto |
Los tres producen PDBQT, pero encajan en distintas etapas del flujo de acoplamiento.
| Herramienta | Mejor para | Cargas / tipado | Instalación |
|---|---|---|---|
| Este convertidor (Open Babel WASM) | Ligando SDF/SMILES → PDBQT rápido en navegador | Gasteiger–Marsili | Ninguna (primera carga ~8 MB WASM) |
| MGLTools / AutoDockTools | Prep receptor legacy, cadenas flexibles, GUI ADT | Gasteiger (ADT) / personalizado | Stack Python de escritorio |
| Meeko (nube Dock) | Prep producción Vina con TORSDOF | Meeko / tipado AutoDock | Ninguna en Dock — server-side |
| obabel CLI | Scripts por lotes en portátil o HPC | Gasteiger vía --partialcharge | conda / apt Open Babel |
Equivalente CLI: obabel input.sdf -O out.pdbqt -h --partialcharge gasteiger.
Los motores de acoplamiento no ven un boceto ChemDraw como los humanos. Convertir a PDBQT añade protonación, cargas y tipado para que Vina evalúe términos de forma consistente.
Secuencia práctica en Dock: nombre químico → SMILES, filtro Lipinski Rule of 5, nombre proteína → PDB ID, limpiar aguas / HETATM, caja grid, luego este convertidor PDBQT o la página principal Dock.
Esta página cubre PDB a PDBQT online, convertidor SDF a PDBQT, SMILES a PDBQT gratis y preparar ligando para Vina sin MGLTools.
Ligandos convierten bien en el navegador.
Receptores completos son más pesados; prefiera PDB Cleaner + Meeko en la nube de Dock.
Límites suaves: ~2.5 MB de texto y ~20 000 átomos.
Respuestas breves para preparar ligandos AutoDock Vina desde SMILES, SDF o PDB sin MGLTools.
PDBQT es un archivo de coordenadas tipo PDB que también almacena cargas parciales (Q) y tipos de átomo AutoDock (T).
Encuentra PDB ID de alta resolución a partir del nombre de proteína (EGFR, ACE2, HER2) y haz docking con un clic.
Convierte nombres de fármacos o IUPAC a Canonical SMILES vía PubChem — listo para AutoDock Vina.
Convierte SMILES a SDF o MOL, o SDF, MOL y PDB de vuelta a SMILES, en el navegador. El nombre químico se busca en la misma página.
Elimina aguas HOH y registros HETATM opcionales de un PDB en tu navegador — prep de receptor listo para docking.
Sube un ligando de referencia PDB/SDF para calcular Center X/Y/Z y Size de la caja de búsqueda Vina — copia config.txt con un clic.
Pega SMILES para calcular MW, LogP, HBD y HBA con RDKit.js en el navegador — filtro Lipinski pass/fail antes del docking.
Pegue PDB ID, añada SMILES y ejecute acoplamiento en la nube con prep Meeko e informe descargable.
Explora el hub completo — buscador PDB, nombre a SMILES, limpiador PDB, caja grid, regla de 5, PDBQT.