Prep de receptor solo en navegador · Herramientas Dock
Elimina aguas cristalográficas y heteroátomos opcionales de un PDB en tu navegador — luego haz docking en Dock.
Suelte un archivo .pdb aquí
o haga clic para buscar · el análisis es local · nunca se envía a nuestros servidores
Suba un PDB arriba. Aquí aparecerán los recuentos de aguas y heteroátomos eliminados.
No necesita scripts de PyMOL, comandos de Open Babel ni una instalación local de Autodock solo para quitar agua cristalográfica. Este limpiador PDB gratuito analiza el archivo con la API FileReader del navegador, elimina registros HOH (y HETATM opcional) y permite descargar o acoplar en un clic — nada se sube durante la limpieza.
Arrastre o busque un archivo Protein Data Bank (.pdb / .ent) de RCSB, AlphaFold o material de curso. El análisis permanece en su dispositivo; nunca enviamos el archivo a una API de limpieza.
Las aguas (HOH, WAT, DOD, H2O) siempre se eliminan. Mantenga la casilla marcada para eliminar también otros heteroátomos — ligandos co-cristalizados, iones y disolventes. Desmárquela si necesita un cofactor o ion en el bolsillo.
Descargue *_clean.pdb para Vina/PyMOL local, o haga clic en Acoplar con este PDB limpio para precargar el receptor en nuestro formulario AutoDock Vina en línea — solo en esta pestaña hasta enviar un trabajo.
Los tutoriales de acoplamiento suelen pedir «eliminar aguas y heteroátomos» antes de convertir a PDBQT. Aquí está exactamente lo que hace el limpiador en línea con cada tipo de registro.
| Registro / contenido | Acción predeterminada | Por qué importa para Vina |
|---|---|---|
| Aguas HOH / WAT | Siempre eliminados | Las aguas cristalográficas llenan el bolsillo y pueden bloquear la pose del ligando. |
| Otros HETATM (ligandos, iones) | Eliminados si la casilla está marcada | Los ligandos co-cristalizados compiten con su SMILES; los iones pueden ser útiles — elija deliberadamente. |
| ATOM (proteína / ácido nucleico) | Conservados | Las coordenadas estándar de aminoácidos / nucleótidos permanecen como andamiaje del receptor. |
| HEADER, TITLE, REMARK, TER, END… | Conservados | Metadatos y terminadores de cadena se conservan para legibilidad en PyMOL. |
| ANISOU / CONECT de átomos eliminados | No reescritos | Filtro de líneas simple para velocidad en cursos; vuelva a limpiar en PyMOL si necesita grafos CONECT perfectos. |
Casi toda estructura cristalina de RCSB incluye aguas cristalográficas (residuo HOH) y a menudo un ligando co-cristalizado como HETATM. AutoDock Vina trata esos átomos como parte del receptor rígido salvo que los elimine primero. Dejar cientos de aguas en el sitio de unión puede bloquear poses estéricamente, inflar puntuaciones de choque y empeorar benchmarks de reacoplamiento estudiantiles frente al co-cristal publicado.
La preparación clásica usa PyMOL («remove resn HOH»), ChimeraX o una tubería con grep / Open Babel. Funciona — pero es lenta cuando solo necesita un receptor limpio para deberes. Este limpiador PDB en línea gratuito está pensado para ese flujo: descargue un PDB (o obténgalo con nuestra búsqueda PDB por nombre de proteína), elimine HOH y HETATM opcional en el navegador y acople con SMILES de nuestro convertidor de nombre químico a SMILES.
Tras limpiar, haga clic en Acoplar con este PDB limpio para abrir la página principal de Dock con el receptor precargado. Dock en línea aún añade hidrógenos y prepara PDBQT para Vina. Para la lista completa, vea preparar receptores y ligandos para AutoDock Vina y la guía acoplamiento molecular paso a paso.
Quitar aguas es necesario pero no suficiente. Revise esta lista tras descargar el PDB limpio — especialmente para trabajos calificados y validación de reacoplamiento.
En formato PDB, la mayoría de las aguas son líneas HETATM cuyo nombre de residuo es HOH (columnas 18–20). «Eliminar todo HETATM» también elimina aguas — pero «eliminar solo HOH» deja iones, glicerol, PEG y fármacos co-cristalizados. Esta herramienta siempre elimina nombres de residuo de agua y opcionalmente el resto de HETATM para coincidir con las dos instrucciones de laboratorio más comunes:
La cadena principal de proteína y ADN/ARN permanece como registros ATOM. No renombramos cadenas, reenumeramos residuos ni añadimos hidrógenos aquí — es intencional para que el limpiador sea un primer paso transparente y auditable antes del acoplamiento.
Respuestas breves para quien busca «quitar agua de PDB», «eliminar HETATM en línea», «limpiar PDB para acoplamiento» o «eliminar HOH antes de AutoDock Vina».
No. La limpieza usa solo la API FileReader del navegador. Las coordenadas permanecen en su máquina en este paso. Si luego hace clic en Acoplar con este PDB limpio y envía un trabajo, Dock recibe el texto limpio que eligió ejecutar — igual que subir un archivo en la página principal.
Encuentra PDB ID de alta resolución a partir del nombre de proteína (EGFR, ACE2, HER2) y haz docking con un clic.
Convierte nombres de fármacos o IUPAC a Canonical SMILES vía PubChem — listo para AutoDock Vina.
Convierte SMILES a SDF o MOL, o SDF, MOL y PDB de vuelta a SMILES, en el navegador. El nombre químico se busca en la misma página.
Sube un ligando de referencia PDB/SDF para calcular Center X/Y/Z y Size de la caja de búsqueda Vina — copia config.txt con un clic.
Pega SMILES para calcular MW, LogP, HBD y HBA con RDKit.js en el navegador — filtro Lipinski pass/fail antes del docking.
Convierte SMILES, SDF o PDB a PDBQT de AutoDock Vina en el navegador con Open Babel — sin MGLTools.
Suba un receptor limpio o pegue un PDB ID, añada SMILES, revise la caja de unión y ejecute acoplamiento con informe descargable.
Lista completa de preparación tras quitar aguas — protonación, PDBQT y opciones de ligando.
Guía orientada a estudiantes desde la elección de estructura hasta interpretar afinidades.
Explora el hub completo — buscador PDB, nombre a SMILES, limpiador PDB, caja grid, regla de 5, PDBQT.