ドッキングワークフローガイド & チュートリアル
実践 AutoDock Vina チュートリアル集: PDB 準備、ステップバイステップのオンラインワークフロー、バーチャルスクリーニングのヒント、コースワーク向けのポーズとスコア解釈までをまとめた学習ガイドです。Free docking tutorials on Dock.
Vina Score
Binding Affinity
AutoDock Vina
Students
Docking Results
Lab Report
普遍的な閾値はない。相対順位、redock RMSD、ポーズギャップ、誠実な Discussion の書き方。
2026/8/298 分で読める
AutoDock Vina
Troubleshooting
PDBQT
MGLTools
Students
Errors
PDBQT 解析失敗、空ポーズ、ボックス誤り、MGLTools クラッシュ、原子価/TORSDOF、リガンド未ドッキング。
2026/8/299 分で読める
Thesis
Methods
Lab Report
AutoDock Vina
Students
Publication
オンライン／ローカル Vina 向け Methods・Results・Discussion テンプレ：引用パラメータ、図、書き出しチェックリスト。
2026/8/2910 分で読める
Molecular Docking
AutoDock Vina
Students
Medicinal Chemistry
Online Docking
No Install
分子ドッキングの平易な説明と学生向け入口：オンラインで AutoDock Vina を実行し、課題用 PDF/ZIP を取得。準備・スコア・スクリーニングガイドへのリンク付き。
2026/6/46 分で読める
AutoDock Vina
PDB
SMILES
Meeko
Binding Site
PDBQT
Receptor Preparation
PDB のクリーニング、ボックス設定、pH 7.4 での SMILES プロトン化、Meeko による PDBQT 生成（オンライン／ローカル）。鎖・原子価・TORSDOF のトラブルシュート付き。
2026/6/410 分で読める
Docking Results
Binding Affinity
PLIP
Coursework
Vina Score
PoseBusters
RMSD
Vina 親和性表、結晶に対する RMSD、PoseBusters QC、PLIP 相互作用の読み方、および #1 ポーズを疑うべき場合。
2026/6/49 分で読める
Virtual Screening
Batch Docking
Student Project
Screening Pack
SAR
Dock Credits
20–40 化合物の課題スクリーニング計画：ライブラリ規模、リガンド課金、バッチ SMILES、SAR 表、結果保持期間。
2026/6/47 分で読める
Crystal Structure
PDB
Binding Site
Student FAQ
Molecular Docking
Holo Apo
AlphaFold
ホロ構造とアポポケット：結晶リガンドが役立つ場合、redock RMSD、AlphaFold pLDDT、レポート用 Methods 文。
2026/6/412 分で読める
How To
Tutorial
AutoDock Vina
Coursework
Review Setup
Step By Step
Dock の完全な流れ：6LU7 テスト、バッチ SMILES、Review setup、redock、Run Vina、ZIP、レポートテンプレート。
2026/6/47 分で読める
AutoDock Vina Online
Online Docking Tools
Software Comparison
SwissDock
Webina
Students
SwissDock、Webina、Colab、Dock とローカル Meeko+Vina を比較——課題・バッチ SAR・無料サーバー向けの選び方。
2026/6/48 分で読める
Toxicology
ADMET
Medicinal Chemistry
Risk Assessment
Pharmacy Students
hERG
薬学／毒性学向け：オフターゲット、hERG/CYP パターン、Lipinski/QED、正直な限界（Vina から LD50 は出ない）。
2026/6/47 分で読める
Learning
Roadmap
Students
Courses
PyMOL
AutoDock Vina
4週間計画：PDB リテラシー、初回オンライン Vina、redock QC、レポート図、任意の小ライブラリ。
2026/6/46 分で読める