Relatório de amostra

Ilustrativo · dados de demonstração fixos

Exemplo publicado de um trabalho batch real 6LU7 (três SMILES tipo fármaco). Execute sua estrutura na página inicial para obter um relatório privado com ZIP e PDF para download.

Fazer docking da sua proteína

O que há no ZIP de resultados?

Cada job de docking concluído inclui um results.zip junto ao relatório na página e ao PDF. Use o ZIP para PyMOL/Chimera, tabelas offline e reprodutibilidade — o PDF é um resumo legível da mesma execução.

Raiz do job (uma vez por execução)

result.json: Resumo de ligantes acoplados, falhas, scores e status de redock.
run_manifest.json: Registro de reprodutibilidade: versão do pipeline, configurações Vina, box, pH, cadeia do receptor, avisos.
receptor_clean.pdb: Receptor preparado usado no docking (PDB rígido e limpo).
redock_report.json: Checagem RMSD de redock co-cristal (ligante único / quando ativado).

Por ligante acoplado com sucesso

poses/{ligand}.sdf: Top 3 poses Vina como SDF multirregistro.
complexes/{ligand}_complex.pdb: Complexo proteína–ligante para visualizadores 3D.
ligands/{ligand}/: PDBQT do ligante, PDBQT acoplado e SMILES protonado.
admet/{ligand}.json: RDKit Lipinski, Veber, QED e flags relacionadas.
interactions/{ligand}.json: Tabela de interações PLIP (ou fallback heurístico por distância).
figures/{ligand}/: Diagrama 2D de interações, PNG de visão geral do sítio de ligação, estrutura 2D do ligante; pymol_binding_site.png opcional se PyMOL estava ativado.

Relatório PDF: afinidades, QC de pose, figuras de interações incorporadas para impressão — não substitui os arquivos de estrutura do ZIP.

Relatório de docking molecular

Relatório de amostra · PDB 6LU7 Mpro

Lote · 3 ligantes

Triagem em lote de três SMILES drug-like contra a protease principal de SARS-CoV-2

Concluído 2026/6/15 09:42:21

Visão geral do screening em lote

Enviados

Docking OK

Não foi possível acoplar

-6.21

Melhor afinidade (kcal/mol)

Melhor resultado: Nirmatrelvir (-6.21 kcal/mol)

Review setup (antes do docking)

Etapa de validação sem créditos: confirme cadeia, caixa do sítio de ligação e precheck de ligantes antes de usar computação.

Review setup com caixa de docking co-cristal em 6LU7 — Caixa do sítio de ligação em 6LU7 cadeia A

Tabela de validação de ligantes com PM, Lipinski e QED — Tabela de precheck de ligantes (3 / 3 OK)

1. Resumo

Screening mode: Um receptor, 3 ligantes (trabalho em lote)
Receptor: 6LU7 · Protease principal de SARS-CoV-2 (Mpro)
Cadeia(s): A
pH de protonação: 7.4
Sítio de ligação: cocrystal ligand
Centro da caixa de busca (Å): -10.00, 13.09, 67.80
Tamanho da caixa de busca (Å): 20.0 × 20.0 × 20.0

2. Métodos computacionais

Detalhes de reprodutibilidade, versões de software e citações prontas para manuscrito para revisores.

Pipeline (v1.9.4): Docking AutoDock Vina com receptor rígido, preparação de receptor/ligante com Meeko e embedding 3D com RDKit.

Protonação: dimorphite-DL at pH 7.4. Protonation is applied before 3D embedding and minimization (MMFF94 with UFF fallback; multi-seed ETKDG).

Preparação de ligante: SMILES → dimorphite_dl → ETKDG (multi-semente) → MMFF94/UFF → meeko_prepare_ligand

AutoDock Vina: exhaustiveness=8, num_modes=9, energy_range=3 kcal/mol, scoring=vina.

Stack de software open source

Versões exatas registradas para este trabalho — cite-as em seus Métodos e lista de referências.

Componente	Versão	Desenvolvedor / org	Função	Ref.
AutoDock Vina	1.2.7	Scripps Research / community fork	Docking molecular de receptor rígido	[2]
Meeko	0.7.1	Scripps Research (Forli lab)	Preparação PDBQT de receptor e ligante	[3]
RDKit	2025.3.6	Open-source cheminformatics toolkit	SMILES → embedding 3D (ETKDG) e minimização MMFF94	[4]
PLIP	3.0.0	University of Hamburg (Salokas et al.)	Análise de interações proteína–ligante	[5]
PoseBusters	0.6.5	University of Oxford (Buttenschoen et al.)	Controle de qualidade de poses de docking (config dock)	[6]
dimorphite-DL	2.0.2	Open-source protonation enumerator	Estado de protonação do ligante no pH do job	[7]
Biopython	1.87	Open-source bioinformatics library	Parsing estrutural e processamento do receptor	[8]
pocketeer	0.3.1	Apo binding-site prediction	Ranqueamento de bolsos previstos em receptor apo	[9]
PyMOL (open-source)	not recorded	Schrödinger / community build	Render opcional do sítio de ligação para publicação	[10]

Como citar esta ferramenta em seu artigo

Cole o parágrafo abaixo na seção Métodos; referências numeradas seguem abaixo.

Suggested citation paragraph (Methods / Computational details)

Molecular docking was performed using the cloud-based workflow at MolecularDocking.online (pipeline v1.9.4)[1], utilizing AutoDock Vina 1.2.7[2] with Meeko receptor/ligand preparation (Meeko 0.7.1)[3]. The receptor structure was prepared from PDB 6LU7 (chain A). The search grid was centered at (-10.00, 13.09, 67.80) Å with dimensions 20.0 × 20.0 × 20.0 Å (source: cocrystal ligand). Ligands were built from SMILES using RDKit 2025.3.6 (ETKDG embedding, MMFF94 minimization)[4] with dimorphite-DL 2.0.2 protonation at pH 7.4[7]. AutoDock Vina was run with exhaustiveness=8, num_modes=9, and energy_range=3 kcal/mol; the top-ranked pose(s) per ligand were exported. Protein–ligand interactions were analyzed with PLIP 3.0.0[5]. Pose quality was validated with PoseBusters 0.6.5 (University of Oxford docking configuration)[6]. Computational binding scores and ADMET estimates are model predictions only; experimental validation is required.

References

[1] MolecularDocking.online. Cloud molecular docking workflow (https://molecular-docking.online). Accessed 2026.
[2] Eberhardt J, Santos-Martins D, Forli S, Olson AJ. AutoDock Vina 1.2.0: new docking methods, expanded force field, and Python bindings. J Chem Inf Model. 2021;61(8):3891-3898.
[3] Forli S, Huey R, Pique ME, Sanner MF, Olson AJ. Computational protein-ligand docking and virtual drug screening with the AutoDock suite. Nat Protoc. 2016;11(5):905-919.
[4] RDKit: Open-source cheminformatics. https://www.rdkit.org/ (accessed 2024).
[5] Salokas LM, Viswanath S, Aho AJ, et al. PLIP 2021: expanding the scope of the protein-ligand interaction profiler to DNA and RNA. Nucleic Acids Res. 2023;51(W1):W530-W534.
[6] Buttenschoen GF, Morris GM, Deane CM. PoseBusters: AI-based docking methods fail to generate physically valid poses or cause unintended bias. Nat Methods. 2024;21(3):472-480.
[7] Swain M. dimorphite-DL: an open-source program for enumerating the ionization states of drug-like small molecules. J Cheminform. 2019;11(1):14.
[8] Cock PA, Antao T, Chang JT, et al. Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics. Bioinformatics. 2009;25(11):1422-1423.
[9] pocketeer: apo binding-site prediction tool used for pocket ranking in this pipeline.
[10] Schrödinger LLC. The PyMOL Molecular Graphics System, Version 2.0. (Open-source build when enabled in Advanced options.)

Lista completa de referências (10 entradas)

MolecularDocking.online. MolecularDocking.online. Cloud molecular docking workflow (https://molecular-docking.online). Accessed 2026.
AutoDock Vina. Eberhardt J, Santos-Martins D, Forli S, Olson AJ. AutoDock Vina 1.2.0: new docking methods, expanded force field, and Python bindings. J Chem Inf Model. 2021;61(8):3891-3898.
Meeko / AutoDock suite. Forli S, Huey R, Pique ME, Sanner MF, Olson AJ. Computational protein-ligand docking and virtual drug screening with the AutoDock suite. Nat Protoc. 2016;11(5):905-919.
RDKit. RDKit: Open-source cheminformatics. https://www.rdkit.org/ (accessed 2024).
PLIP. Salokas LM, Viswanath S, Aho AJ, et al. PLIP 2021: expanding the scope of the protein-ligand interaction profiler to DNA and RNA. Nucleic Acids Res. 2023;51(W1):W530-W534.
PoseBusters. Buttenschoen GF, Morris GM, Deane CM. PoseBusters: AI-based docking methods fail to generate physically valid poses or cause unintended bias. Nat Methods. 2024;21(3):472-480.
dimorphite-DL. Swain M. dimorphite-DL: an open-source program for enumerating the ionization states of drug-like small molecules. J Cheminform. 2019;11(1):14.
Biopython. Cock PA, Antao T, Chang JT, et al. Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics. Bioinformatics. 2009;25(11):1422-1423.
pocketeer. pocketeer: apo binding-site prediction tool used for pocket ranking in this pipeline.
PyMOL. Schrödinger LLC. The PyMOL Molecular Graphics System, Version 2.0. (Open-source build when enabled in Advanced options.)

3. Interpretação do modo de ligação

Resumo estilo discussão da ligação predita (similar ao suporte de manuscrito).

Ligante:

O AutoDock Vina previu ligação moderada para CC(C)(C)C(NC(=O)C(F)(F)F)C(=O)N1CC2CC(C1)N2C(=O)C(F)(F)F (melhor pontuação -6.21 kcal/mol). Entre os compostos triados, CC(C)(C)C(NC(=O)C(F)(F)F)C(=O)N1CC2CC(C1)N2C(=O)C(F)(F)F classificou-se como o principal hit. As interações-chave previstas (PLIP) incluem 2 ligação(ões) de hidrogênio com ASN142A, GLN189A; contatos hidrofóbicos envolvendo ASN142A; ligação(ões) halogênio com HIS41A, THR26A. O ligante é circundado por resíduos do bolso, incluindo ASN142A, GLN189A, HIS41A, THR26A. Vários modos de docking apresentam pontuações semelhantes; considere inspecionar poses alternativas nos arquivos de estrutura. Estes resultados são apenas previsões computacionais e devem ser validados experimentalmente (p. ex., SPR, ITC ou ensaios celulares) antes de tirar conclusões mecanísticas.

Poses principais próximasPoseBusters QC aprovado

O melhor modo lidera por 0.14 kcal/mol (<0.25 kcal/mol). Continua em primeiro, mas revise poses próximas nos arquivos de estrutura.

PoseBusters: 22/22 verificações aprovadas.

Validado com PoseBusters (configuração de docking da Universidade de Oxford).

Contatos detectados (5 no total)

PLIP

2 ligação(ões) de hidrogênio
1 contato(s) hidrofóbico(s)
2 ligação(ões) halogênio

Resíduos do bolso: ASN142A, GLN189A, HIS41A, THR26A

4. Figuras para publicação

Imagens PNG prontas para slides e manuscritos (também incluídas no ZIP).

Ligante:

Diagrama de interação 2D — ligand_1 — Diagrama de interação 2D
Mapa estilo LigPlot de ligações de hidrogênio, contatos hidrofóbicos e pontes salinas detectados pelo PLIP.

Visão geral do sítio de ligação — ligand_1 — Visão geral do sítio de ligação
Bolso destacado com ligante dockado (visão 3D matplotlib).

Estrutura 2D do ligante — ligand_1 — Estrutura 2D do ligante
Estrutura química do ligante protonado usado no docking.

Render PyMOL do sítio de ligação — ligand_1 — Render PyMOL do sítio de ligação
Figura de publicação com ray-tracing (receptor cartoon + sticks). Apenas o melhor hit em lotes.

5. Visualização 3D da estrutura

Complexo proteína–ligante interativo. Selecione ligante e pose do Vina (top 3 exportadas). A pose 1 é o modo com melhor pontuação.

Ligand:Pose:

Drag to rotate · scroll to zoom · right-drag to pan. Top 3 Vina poses are exported when available; pose 1 is the best-scoring mode.

6. Resumo ADMET

Estimativas de drug-likeness baseadas em RDKit (Lipinski, Veber, QED). Não é ADMET experimental.

Ligante:

Drug-like (regras aprovadas)

Peso molecular (Da): 404.3
LogP: 0.04
TPSA (Å²): 70.9
Doadores de H / Aceitadores de H: 2 / 3
Ligações rotacionáveis: 2
QED: 0.639
Lipinski: Aprovado
Veber: Aprovado

Estimativas ADMET computacionais a partir de descritores RDKit, não dados ADMET experimentais.

7. Resultados de docking por ligante (todos os compostos)

Cada linha é um composto deste lote (3 no total). Ordenado por status e depois por afinidade. Colunas ADMET incluídas para comparação de screening.

#	Composto	SMILES	Status	Melhor afinidade (kcal/mol)	Δ para o 2.º	Confiança da pose	Pose QC	PM (Da)	Lipinski	QED
1	Nirmatrelvir	CC(C)(C)C(NC(=O)C(F)(F)F)C(=O)N1CC2CC(C1)N2C(=O)…	OK	-6.21	0.14	Poses principais próximas	PoseBusters QC aprovado	404.3	Aprovado	0.64
2	Ibuprofen	CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1	OK	-6.03	0.23	Poses principais próximas	PoseBusters QC aprovado	205.3	Aprovado	0.75
3	Aspirin	CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O	OK	-5.05	0.40	Separação moderada	PoseBusters QC aprovado	179.2	Aprovado	0.47

Notas da execução

Cadeia do receptor utilizada: A

A caixa de busca usa o centro do ligante co-cristal (20×20×20 Å).

ligand_1: DIMORPHITE_MULTIPLE_STATES: 4 estados de protonação em pH 7.4; usando a primeira variante para docking.

ligand_1: PDBQT de ligante validado reutilizado (protonação bloqueada do Review setup).

ligand_2: PDBQT de ligante validado reutilizado (protonação bloqueada do Review setup).

ligand_3: PDBQT de ligante validado reutilizado (protonação bloqueada do Review setup).

Limitações

Apenas receptor rígido (sem cadeias laterais flexíveis).
Uma cadeia proteica por trabalho (selecione a cadeia quando o PDB tem várias).
Protonação do ligante com dimorphite_dl no pH do trabalho (padrão 7.4) ou override por ligante (4.0–10.0).
Entrada de ligante: SMILES, bloco MOL ou SDF (primeiro registro).
preserve_hetatm opcional (ex. ZN, MG) mantém metais no PDB do receptor limpo.
Verificação sanity de redock co-cristal quando um ligante ligado é detectado (run_redock=true).

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