Guias e tutoriais de fluxo de docking
Tutoriais práticos de AutoDock Vina: preparação PDB, fluxos passo a passo, dicas de triagem virtual e interpretação de resultados para coursework.
Vina Score
Binding Affinity
AutoDock Vina
Students
Docking Results
Lab Report
Não há corte universal. Use ranking relativo, RMSD de redock, gaps de pose e Discussion honesta.
29/08/20268 min de leitura
AutoDock Vina
Troubleshooting
PDBQT
MGLTools
Students
Errors
Falha de PDBQT, poses vazias, caixa errada, crashes do MGLTools, avisos de valência/TORSDOF e “ligando não acoplou”.
29/08/20269 min de leitura
Thesis
Methods
Lab Report
AutoDock Vina
Students
Publication
Modelos Methods/Results/Discussion para Vina online ou local: parâmetros, figuras e checklist de exportação.
29/08/202610 min de leitura
Molecular Docking
AutoDock Vina
Students
Medicinal Chemistry
Online Docking
No Install
Explicação simples do docking e um hub para estudantes: rode AutoDock Vina online, baixe PDF/ZIP e acesse guias de preparo, scores e screening.
04/06/20266 min de leitura
AutoDock Vina
PDB
SMILES
Meeko
Binding Site
PDBQT
Receptor Preparation
Limpe um PDB, defina a caixa, protonize SMILES em pH 7.4 e gere PDBQT com Meeko — online ou local.
04/06/202610 min de leitura
Docking Results
Binding Affinity
PLIP
Coursework
Vina Score
PoseBusters
RMSD
Leia tabelas de afinidade Vina, RMSD vs cristal, QC PoseBusters e interações PLIP — e quando desconfiar da pose #1.
04/06/20269 min de leitura
Virtual Screening
Batch Docking
Student Project
Screening Pack
SAR
Dock Credits
Planeje um screening de 20–40 compostos: tamanho da biblioteca, créditos por ligando, SMILES em lote e retenção de resultados.
04/06/20267 min de leitura
Crystal Structure
PDB
Binding Site
Student FAQ
Molecular Docking
Holo Apo
AlphaFold
Estrutura holo vs bolso apo: quando o ligando cristalino ajuda, RMSD de redock, pLDDT AlphaFold e texto Methods.
04/06/202612 min de leitura
How To
Tutorial
AutoDock Vina
Coursework
Review Setup
Step By Step
Fluxo completo no Dock: teste 6LU7, SMILES em lote, Review setup, redock, Run Vina, ZIP e templates de relatório.
04/06/20267 min de leitura
AutoDock Vina Online
Online Docking Tools
Software Comparison
SwissDock
Webina
Students
Compare SwissDock, Webina, Colab e Dock com Meeko+Vina local — o que serve para cursos e SAR em lote.
04/06/20268 min de leitura
Toxicology
ADMET
Medicinal Chemistry
Risk Assessment
Pharmacy Students
hERG
Para farmácia/toxicologia: off-target, padrões hERG/CYP, Lipinski/QED e limites honestos (sem LD50 do Vina).
04/06/20267 min de leitura
Learning
Roadmap
Students
Courses
PyMOL
AutoDock Vina
Plano de 4 semanas: PDB, primeira corrida Vina online, QC de redock, figuras e screening opcional.
04/06/20266 min de leitura