Hướng dẫn & tutorial quy trình docking
Tutorial AutoDock Vina thực hành: chuẩn bị PDB, quy trình từng bước, mẹo sàng lọc ảo và diễn giải kết quả cho coursework.
Vina Score
Binding Affinity
AutoDock Vina
Students
Docking Results
Lab Report
Không có ngưỡng phổ quát. Dùng xếp hạng tương đối, RMSD redock, khoảng cách pose và Discussion trung thực.
29/8/20268 phút đọc
AutoDock Vina
Troubleshooting
PDBQT
MGLTools
Students
Errors
PDBQT lỗi, pose trống, hộp sai, MGLTools crash, cảnh báo valence/TORSDOF và “ligand không docking”.
29/8/20269 phút đọc
Thesis
Methods
Lab Report
AutoDock Vina
Students
Publication
Mẫu Methods/Results/Discussion cho Vina online hoặc local: thông số, hình và checklist xuất file.
29/8/202610 phút đọc
Molecular Docking
AutoDock Vina
Students
Medicinal Chemistry
Online Docking
No Install
Giải thích dễ hiểu về docking và điểm bắt đầu cho sinh viên: chạy AutoDock Vina online, tải PDF/ZIP, kèm hướng dẫn chuẩn bị, điểm số và screening.
4/6/20266 phút đọc
AutoDock Vina
PDB
SMILES
Meeko
Binding Site
PDBQT
Receptor Preparation
Làm sạch PDB, chọn hộp gắn kết, proton hóa SMILES ở pH 7.4 và tạo PDBQT bằng Meeko — online hoặc local.
4/6/202610 phút đọc
Docking Results
Binding Affinity
PLIP
Coursework
Vina Score
PoseBusters
RMSD
Đọc bảng ái lực Vina, RMSD so với tinh thể, QC PoseBusters, tương tác PLIP và khi nào không tin pose #1.
4/6/20269 phút đọc
Virtual Screening
Batch Docking
Student Project
Screening Pack
SAR
Dock Credits
Lên kế hoạch screening 20–40 hợp chất: kích thước thư viện, credit theo ligand, batch SMILES, bảng SAR và thời gian lưu kết quả.
4/6/20267 phút đọc
Crystal Structure
PDB
Binding Site
Student FAQ
Molecular Docking
Holo Apo
AlphaFold
Cấu trúc holo vs túi apo: khi nào ligand tinh thể hữu ích, RMSD redock, pLDDT AlphaFold và đoạn Methods.
4/6/202612 phút đọc
How To
Tutorial
AutoDock Vina
Coursework
Review Setup
Step By Step
Quy trình đầy đủ trên Dock: thử 6LU7, batch SMILES, Review setup, redock, Run Vina, ZIP và mẫu báo cáo.
4/6/20267 phút đọc
AutoDock Vina Online
Online Docking Tools
Software Comparison
SwissDock
Webina
Students
So sánh SwissDock, Webina, Colab, Dock với Meeko+Vina local — phù hợp bài tập và SAR theo lô.
4/6/20268 phút đọc
Toxicology
ADMET
Medicinal Chemistry
Risk Assessment
Pharmacy Students
hERG
Cho dược/độc học: off-target, mẫu hERG/CYP, Lipinski/QED và giới hạn trung thực (không có LD50 từ Vina).
4/6/20267 phút đọc
Learning
Roadmap
Students
Courses
PyMOL
AutoDock Vina
Kế hoạch 4 tuần: PDB, lần chạy Vina online đầu, QC redock, hình báo cáo và screening tùy chọn.
4/6/20266 phút đọc