Panduan & tutorial alur kerja docking
Tutorial AutoDock Vina praktis: persiapan PDB, alur kerja langkah demi langkah, tips virtual screening, dan interpretasi hasil untuk coursework.
Vina Score
Binding Affinity
AutoDock Vina
Students
Docking Results
Lab Report
Tidak ada cutoff universal. Gunakan ranking relatif, RMSD redock, gap pose, dan Discussion yang jujur.
29/8/20268 menit baca
AutoDock Vina
Troubleshooting
PDBQT
MGLTools
Students
Errors
PDBQT gagal, pose kosong, kotak salah, crash MGLTools, peringatan valensi/TORSDOF, dan “ligan tidak docking”.
29/8/20269 menit baca
Thesis
Methods
Lab Report
AutoDock Vina
Students
Publication
Template Methods/Results/Discussion untuk Vina online atau lokal: parameter, gambar, dan checklist ekspor.
29/8/202610 menit baca
Molecular Docking
AutoDock Vina
Students
Medicinal Chemistry
Online Docking
No Install
Penjelasan sederhana tentang docking plus hub mahasiswa: jalankan AutoDock Vina online, unduh PDF/ZIP, dan tautan panduan preparasi, skor, serta screening.
4/6/20266 menit baca
AutoDock Vina
PDB
SMILES
Meeko
Binding Site
PDBQT
Receptor Preparation
Bersihkan PDB, tentukan kotak, protonasi SMILES di pH 7.4, dan buat PDBQT dengan Meeko — online atau lokal.
4/6/202610 menit baca
Docking Results
Binding Affinity
PLIP
Coursework
Vina Score
PoseBusters
RMSD
Baca tabel afinitas Vina, RMSD vs kristal, QC PoseBusters, interaksi PLIP, dan kapan tidak percaya pose #1.
4/6/20269 menit baca
Virtual Screening
Batch Docking
Student Project
Screening Pack
SAR
Dock Credits
Rencanakan screening 20–40 senyawa: ukuran pustaka, kredit per ligan, batch SMILES, tabel SAR, dan retensi hasil.
4/6/20267 menit baca
Crystal Structure
PDB
Binding Site
Student FAQ
Molecular Docking
Holo Apo
AlphaFold
Struktur holo vs kantong apo: kapan ligan kristal membantu, RMSD redock, pLDDT AlphaFold, dan teks Methods.
4/6/202612 menit baca
How To
Tutorial
AutoDock Vina
Coursework
Review Setup
Step By Step
Alur lengkap di Dock: uji 6LU7, batch SMILES, Review setup, redock, Run Vina, ZIP, dan template laporan.
4/6/20267 menit baca
AutoDock Vina Online
Online Docking Tools
Software Comparison
SwissDock
Webina
Students
Bandingkan SwissDock, Webina, Colab, Dock vs Meeko+Vina lokal — cocok untuk kuliah dan SAR batch.
4/6/20268 menit baca
Toxicology
ADMET
Medicinal Chemistry
Risk Assessment
Pharmacy Students
hERG
Untuk farmasi/toksikologi: off-target, pola hERG/CYP, Lipinski/QED, dan batas jujur (tanpa LD50 dari Vina).
4/6/20267 menit baca
Learning
Roadmap
Students
Courses
PyMOL
AutoDock Vina
Rencana 4 minggu: PDB, Vina online pertama, QC redock, gambar laporan, dan screening opsional.
4/6/20266 menit baca