Guías y tutoriales de flujo de docking

No hay un umbral universal. Usa ranking relativo, RMSD de redock, gaps de pose y redacción honesta en Discussion.

PDBQT inválido, poses vacías, caja incorrecta, fallos de MGLTools, avisos de valencia/TORSDOF y “ligando no acopló”.

Plantillas Methods/Results/Discussion para Vina online o local: parámetros a citar, figuras y checklist de exportación.

Explicación clara del docking molecular y un punto de partida para estudiantes: ejecuta AutoDock Vina online, descarga PDF/ZIP para trabajos y enlaces a guías de preparación, puntuaciones y screening.

Limpia un PDB, define la caja, protona SMILES a pH 7.4 y genera PDBQT con Meeko — online o local. Solución de errores de cadena, valencia y TORSDOF.

Lee tablas de afinidad Vina, RMSD vs cristal, QC PoseBusters e interacciones PLIP, y cuándo desconfiar de la pose #1.

Planifica un screening de 20–40 compuestos: tamaño de biblioteca, créditos por ligando, SMILES por lotes, tablas SAR y retención de resultados.

Estructura holo vs bolsillo apo: cuándo ayuda el ligando cristalino, RMSD de redock, pLDDT de AlphaFold y texto Methods para informes.

Guía completa en Dock: prueba 6LU7, SMILES por lotes, Review setup, redock, Run Vina, ZIP y plantillas de informe.

Compara SwissDock, Webina, Colab y Dock frente a Meeko+Vina local — qué encaja en cursos, SAR por lotes y servidores gratuitos.

Para farmacia y toxicología: docking off-target, patrones hERG/CYP, Lipinski/QED en informes y límites honestos (sin LD50 desde Vina).

Plan de 4 semanas: PDB, primera corrida Vina online, QC de redock, figuras de informe y screening opcional.